在常用网站介绍系列文章中，有一篇题为“查找转录因子的“好帮手”：JASPAR&PROMO”的文章，有小伙伴反馈这两个网站中没有收录目的转录因子，这种情况除了直接通过实验验证启动子和转录因子是否相互作用，同样也可以借助其他数据库查询相关信息。那么，本期就来详细介绍下人类转录因子数据库hTFtarget。

hTFtarget收录了659个转录因子的chip-seq实验样本和699个转录因子的高可信度DNA结合序列，是目前最全面的人类转录因子数据库。

进入官网：https://guolab.wchscu.cn/hTFtarget/#!/，网站分为TF、Target、Peak、Co-regularion、Co-association和Prediction六个模块。小编将依次介绍各个模块的功能和使用方法。

TF

有确定的目的转录因子需要查询其主要调控那些基因，可以使用TF模块。该模块可浏览所有的转录因子，界面左侧TF list表格显示转录因子信息，右侧Dataset list表格可通过靶细胞和组织进一步筛选内容。

在左侧表格搜索或直接点击目的转录因子点击，表格下方会显示该转录因子的详细信息（TF information），包括基因全称、转录因子家族、别名、其他数据库的ID。Dataset list表格则显示含该转录因子的细胞和组织。

点击转录因子详情中的“Details”即可查看该转录因子调控的所有靶基因。若有目的细胞或组织，可点击右侧表格中的“Details”。界面右上角可通过选择靶基因类型如编码蛋白或非编码基因，或者输入靶基因名称进一步查询。

表格最右侧“Epigenomic states”和“Browser”两列可查看靶基因侧翼区域内的表观遗传状态和峰值信息。

Target

查找目的基因的转录因子则可使用Target模块。在检索框中输入目的基因后，页面会出现该基因的信息表格，点击表格最右列的“Details”即可查看所有可能调控目的基因的转录因子。

点击表格最左列的“Details”可查看峰值信息。

TF和Target两个模块的功能也可以直接在主页右上角“Quick search”实现。以ASCL2为例，在“Quick search”输入该基因，结果页面如下所示，页面第一张表格为ASCL2作为转录因子的信息，第二张表格则显示ASCL2可能被那些转录因子调控的信息。第二张表格的详细信息与Target模块的内容完全一致，参考上述Target模块的使用方法操作即可。

点击第一张表格的“Details”，相比TF模块，该页面还提供了三种证据：表观遗传证据、chip-seq证据和motif证据（红色方框标注）。

点击表格最后侧“View”可浏览不同细胞系中转录因子与靶基因的结合情况。红色表示暂未验证，绿色表示已验证。点击“Browser”可查看峰值信息。

本期主要介绍了hTFtarget的TF和Target两个模块的使用方法，下期将继续介绍其他模块，感兴趣的小伙伴可以留意一下哦~

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参考文献：

[1]Zhang Qiong, Liu Wei, Zhang Hong-Mei, Xie Gui-Yan, Miao Ya-Ru. hTFtarget: A Comprehensive Database for Regulations of Human Transcription Factors and Their Targets. Genomics, proteomics & bioinformatics, 2020, 18(2):120-128.