导言
可变剪切（AS）是真核生物基因调控的重要机制：DNA转录RNA的过程中，从pre-mRNA到成熟mRNA的加工过程中，会有选择的对exon/intron及其他部件进行剪切，因此一个基因可以产生多种类型的转录本，进而使得一个基因可以在不同时间、不同环境中可以翻译出不同的蛋白质，增强生命系统的复杂性和适应性。
选择性剪切（AS）事件目前主要分为5种类型：skipped exons (SE), alternative 5′ (donor) splice sites (A5SS), alternative 3′ (acceptor) splice sites (A3SS), retained introns (RI) and mutually exclusive exon usage (MXE)
可变剪切（AS）是一种转录组后生物学过程，目前已经开发出了多种计算方法来识别和量化RNA-seq数据中的差异可变剪切基因；鉴定差异可变剪切与鉴定差异基因的逻辑一致，是为了研究不同条件下的表型差异的分子基础差异，鉴定差异可变剪切的软件基于不同的分析策略可以分为三类。
1. exon-based 以exon为主体研究对象：DEXSeq、edgeR、JunctionSeq、limma
2. isoform-based 以isoform为主体研究对象：cuffdiff2、DiffSplice
3. event-based 以AS事件为主题研究对象：dSpliceType、MAJIQ、rMATS、SUPPA
上述10种工具中，DEXseq和rMATS通常表现良好，rMATS 和 SUPPA/SUPPA2 支持配对样品设置，因为为了研究样本中DS事件，一般可并行运行多个软件，以避免假阳性可变剪切事件的鉴定，可以组合多种分类进行鉴定。
rMATS和差异可变剪切
rMATS是一款适用于RNA-sea数据的差异可变剪切分析软件，可以对可变剪切事件进行分类，还可鉴定不同样本间的差异可变剪切事件。rMATS采用了两种定量方式：Junction Count only 、Reads on target and junction counts。完成定量后，可以对组间样品进行差异可变剪切分析（DAS）。对于差异显著性的可变剪切事件，一般选用TOP5（按照P值排序）可用rMATS2sashimiplot进行可视化展示。
报告结果展示
rMATS可变剪切分析
可变剪切（AS）是真核生物重要的基因调控机制。我们利用rMATS检测SE/RI/MXE/A5SS/A3SS五种可变剪切事件，并且可以对有生物学重复的样品进行差异AS分析。软件利用含有剪切位点的reads和完全比对到跳跃型外显子的reads进行可变剪切分析。
鉴定结果中主要包括：rMATS给定剪切事件的ID、剪切事件发生基因的ID和symbol、染色体和基因的正负链、剪切位置和剪切基本情况。
参考文献
Shen, Shihao, et al. ‘rMATS: Robust and Flexible Detection of Differential Alternative Splicing from Replicate RNA-Seq Data’. Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 111, no. 51, Dec. 2014. DOI.org (Crossref), https://doi.org/10.1073/pnas.1419161111.
Mehmood, Arfa, et al. ‘Systematic Evaluation of Differential Splicing Tools for RNA-Seq Studies’. Briefings in Bioinformatics, vol. 21, no. 6, Dec. 2020, pp. 2052–65. 9.5, https://doi.org/10.1093/bib/bbz126.
