在故事最初，地球爆发大规模的核战，直接导致的结果便是世界毁灭，剩余的人类放弃了地球，坐着星际飞船去了外太空，开始未知之旅，他们走之前留下一座军事博馆，并且下达了四项指令以帮助未来有可能再次出现的人类。
这四项指令最后变成了军博行为的四大定律。
第一，不得伤害人类，也不得见人类受到伤害而袖手旁观。
第二，应服从人类的一切命令，但不得违反第一定律。
第三，应保护自身的安全，但不得违反第一、第二定律。
第四，必须保护人类的整体利益不受伤害，其它三条定律都是在这一前提下才能成立。
时间过了无数万年，地球上出现了原始人类，他们已经和辐射共存，忘记了祖先的科技，过着茹毛饮血的生活。
军博为了避免人类重回科技时代世界再次毁灭的结局，派出使者，引导人类维持在封建社会农耕文明，并为人类提供了释放想象力的第二条路，军博研究出了人类可以利用辐射修行的功法。
军博的种种行为，被后社人类尊称为神庙，世界按照神庙的指引，井然有序但无趣的运行这一切，直到叶轻眉的出现，她从军博之中顺了三本武功秘籍，一把狙击枪以及一个人工智能机器人五竹，开始改造这个无趣的世界。
三本秘籍造就了三位大宗师，北齐苦荷可以无限利用身边的自然能量防御一切外来攻击。
东夷城四顾剑将真气杀伤力发挥到极致，甚至能用意念操控剑气杀人。
光论攻击力而言，四顾剑是第一人，南庆庆帝修炼的霸道真气，破而后立，成为了最神秘的大宗师，南庆叶流云模仿机器人五竹的身法动作，拥有最快的速度跟动作，也成为了大宗师。
可以说天下四大宗师基本上都是因为叶轻眉的出现而出现，叶轻眉为了心中的理想，即人人生而自由，帮助庆帝登上了皇位，然而庆帝为了权力，却设地杀掉刚生完孩子的叶轻眉，庆余年的故事便从叶轻眉的孩子范闲开始。
范闲在教父陈萍萍、岳父林若甫、养父范建、师父费介、叔叔五竹的帮助之下，一步步掌握了叶轻眉的遗产，并且最终拔剑向庆帝复仇，为母亲报仇，但庆帝强到离谱，纵然范闲带一众高手围殴庆帝还是被吊打，最后五竹出手，以镭射眼干掉了庆帝。
在庆帝死后，范闲看到了庆帝写给叶轻眉的种种信件，在一封信的背后，庆帝写了这样一句话：朕没有错！庆帝到死都不认为自己当初杀叶轻眉是错的。
故事的最后，范闲扶持三皇子登上了皇位，自己做个闲散富家翁，他的女儿范小花因为厌倦了地球乏味的生活，再次去往北极军博，坐着飞船离开了地球。
由此，三部曲的第二部《间客》便拉开了序幕，时间线往回倒，世界毁灭之后，人类离开了地球。
由于不同的理念，人类分成两大阵营，他们带着人类的火种去了两大星域，建立了截然不同的文明。一个是五人小组，他们带着大量的胚胎去了三林星域，在此途中，一位邰性科学家被辐射污染，受此影响其后代大多短命。
考虑到文明建立之初，封建王朝是最好的延续手段，但又不能一直处于封建王朝，所以五人小组提议以邰性后代作为统治者建立了邰氏王朝。
后期经过了和平演变，邰氏王朝变成了联邦，联邦把人工智能发挥到了极致，把光辉洒向了联邦统治的每一个角落，联邦依靠芯片来控制人类，解决对人类产生影响的不安定因素。
另外一批人去了左天星域，建立了封建帝制国家，由此度过了无数万年，直到范闲的女儿范小花坐着飞船来到了左天星域，她建立了白谨王朝以及大师范府，其后与怀氏联姻，并且辅佐其建立了怀氏王朝。
其后代子孙都可以修炼范小花从地球带来的霸道真气，只不过后来名字变成了八韬真气。
左天星域相比较三林星域在科技上相对落后，两大星域在无数年间一直相安无事，一切始一次擦枪走火，战况愈演愈烈。
相对于落后的怀氏一方便发起了种子行动，把怀氏婴儿秘密送往了联邦，打入敌人内部，试图从内部瓦解联邦。
间客的主角许乐原本是左天星域的怀氏太子，意外流落联邦，一步步成长，在人工智能帮助之下，统一了两大星域。
故事的最后，大师范等三人回到了地球，此时的人类已经再次毁灭了，他们在地上发现了双眼蒙着黑布的五竹。人类发现了扭率空间，极大缩短了人类穿越星际所需要的时间。
直到昨天，星域边缘一处扭曲空洞突然崩塌，在宇宙中撕开了十几公里一道口子，暗物之海出现了，暗物之海存在于扭曲的空间之中，以超越光的速度向人类社会逼近，一旦被吞噬就全部玩完。
人类需要完成自救，许乐在宇宙中寻找，发现了一种特殊材料，也发现了一座监狱，这座监狱不受暗物之海侵蚀，于是成了人类的退路之一，也成了一个试验场地。
为了培养足够强大的人，强大到可以抵御甚至可以消灭暗物之海，这个试验场就是朝天大陆，许乐借住那种特殊的材料点燃了恒星，阻止了暗物之海前进的步伐，而许乐也死在了恒星爆发之下。
当他死去的那一刻，思维意识回归了宪章，彻底成为了神明，临死前，他把点燃恒星的万物一剑扔向了朝天大陆，最后被樵夫捡到，樵夫由此悟得无上剑道，开创了青山宗。
大道朝天的故事从青山宗景阳真人飞升开始，他飞升失败之后，神魂进入万物一剑之中，成为了一个剑身的人，这把剑很锋利也很坚硬。
景阳成了井九，开始了与师兄的明争暗斗之中，师兄输了所以死了，井九飞升之后，阴谋兜兜转转，直面了青山宗第一代祖师沈青山，暗物之海在扩张，需要有人引爆恒星阻止暗物之海。
井九身为万物一剑，通过许乐的投影知道了所有，最终井九消灭了暗物之海，成为了新的神明，至此，猫腻的神经三部曲便彻底结束了。
