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判断AKI我们可以通过肌酐和尿量两个指标来看, 今天我们主要提取肌酐。

kidgo指南的表格

AKI是MIMIC相关研究的常用指标,MIMIC数据库里面AKI诊断按照KIDGO指南,内容太多,今天这个只包括肌酐水平评估:

MIMIC数据库里面的基线值并不是一个固定的值而是动态的值。

主要涉及ICU住院记录icustays和实验室检查labevents两张表。

labevents表里CHARTTIME表示测量时间,VALUENUM表示测量值。

icustays表里面intime和outtime分别表示出入ICU时间。

两张表格根据subject_id这个患者唯一标识进行连接。

一、kdigo_creatinine.sql 提取入ICU前7天所有肌酐值

二、kdigo_stages.sql 基线标准

如何理解上面说的这个基线值是动态的?我们来看下kdigo标准的sql

我们来从organfailure_kdigo_stage_cr_only里面选取一个病人来看。

  • stay_id:30013402
可以看出来,这个病人住ICU前七天到出ICU期间一共做了12次下肌酐,第3次肌酐前面两次肌酐分别为1.6和1.5,都是48小时内,所有48小时内基线和7天内基线都是他们中的最小值1.5,增加超过0.3,所以是AKI1级;第7次肌酐检查时,前48小时基线值和前7天基线值就不一样了,增长超过基线两倍,所以是AKI2级
我们看到在kdigo_stages.sql下还有提取尿量和CRRT的代码,感兴趣同学看这篇和后续文章,本章暂时不讲解
三、(必看)官方代码里面存在的的问题!!!
我们看图中红框内的代码
在 KDIGO AKI 标准第21页(KDIGO-2012-AKI-Guideline, 后台回复 “KDIGO AKI 2012” 下载)中,AKI 第 3 阶段的定义是满足以下两个条件:
  1. sCR >=4.0

  2. sCR 增量 >=0.3 48h内 or sCR 基线* 1.5

然而,上述代码的逻辑是由固定数字3.7定义的。这是错误的定义,所以应该改为

查看筛选出来的数据是有很大差异的

该问题官方已经准备在下个版本修复

这是有道理的,对于初始肌酐为 4.0 或更高的人来说,这不会导致 AKI。我会尽快修复它,可能值得进行前后比较。

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临床数据库挖掘(MIMIC、NHANES),医学统计,医疗数据分析
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