菁类染料-Cy2,Cy3,Cy5

Cy2耦联基团激发波长为 492nm，发光为波长 510nm 的绿色可见光Cy2 和FITC 使用相同的滤波片。由于 Cy2 比 FITC 在光下更稳定。要避免使用含有磷酸化的苯二胺的封片剂，因为这种抗淬灭剂和 Cy2 反应，在染色片储存后会导致荧光微弱和扩散。Cy3 和 Cy5 比其他的荧光团探针要更亮，更稳定，背景更弱。Cy3 耦联基团激发光的最大波长为 550nm，最强发射光为570nm。因为激发光和发射光波长很接近 TRITC， 在荧光显微镜中，可使用和 TRITC 一样的滤波片。

Cy3 在氩光灯(514nm 或 528nm)下可以被激发出 50%的光强，在氦氖灯(543nm)或者汞灯(546nm)下则约75%。Cy3可以和荧光素一起作双标。Cy3 还可以和 Cy5一起在共聚焦显微镜实验中作多标记。

Cy5 耦联基团的激发波长最大650nm，发光波长最大 670nm。在氪氩灯(647nm)下它们可被激发出98%的荧光，在氦氖灯下(633nm)为 63%Cy5 可以和很多其他的荧光基团一起用在多标记的实验中。由于它的最大发射波长在670nm，Cy5 很难用裸眼观察，而且不能用汞灯作理想的激发。通常观察 Cy5 时采用具有合活激发光和远红外检测器的共聚焦显微镜.在水相封片剂中应当加入抗淬灭剂。