阿波罗尼亚的第欧根尼的确切生卒时间尚不清楚，但大多数记述都将其活跃的时间确定为公元前460年至430年左右。

曾经有人认为他来自马其顿城市阿波罗尼亚，但现在学界观点认为，他实际上来自于本都地区（黑海南岸一片地区的名称,位于现在土耳其的东北部）的同名的米利都（希腊城邦中的一个，居民主要是说艾欧尼亚语的希腊人）殖民地阿波罗尼亚，这座城市是由米利都学派的前苏格拉底哲学家阿那克西曼德建立的，即今天保加利亚黑海边的一座度假胜地索佐波尔。

有的说法认为，第欧根尼在雅典生活了一段时间，在那里，他不受雅典人民的欢迎（被认为是无神论者），以至于他的生命处于危险之中。我们在阿里斯托芬(古希腊作家喜剧之父) 的作品《云》中发现了对第欧根尼可能居住在雅典的夸张演义的桥段，这进一步证明了他可能居住在希腊，在剧中第欧根尼出场的桥段是苏格拉底被描绘成持有与第欧根尼相同的观点。

罗马帝国时代的古希腊哲学史家第欧根尼·拉尔修在他的作品《名哲言行录》中写道：

“第欧根尼，阿波罗狄弥斯之子，阿波罗尼亚人，物理学家，享有盛誉。”

据安提斯泰尼所说：

“他是阿纳克西美尼的学生，与阿纳克拉戈萨生活在同一时期。”

泰奥弗拉斯托斯还提到，阿波罗尼亚的第欧根尼“几乎是最年轻的”物理哲学家。

有一种令人信服的说法提到：“当第欧根尼拉尔修撰写《名哲言行录》时，在他根据资料写下‘阿波罗尼亚的第欧根尼是阿那克西美尼的学生’时，他可能感到非同一般的困惑。因为当时大部分评论家的对于阿波罗尼亚的第欧根尼的生卒年月以及活跃区域的观点与他的资料并不一致。”

虽然阿波罗尼亚的第欧根尼同阿那克西美尼一样认为“气”是组成万物的基本物质，但是他们两人不太可能是师生关系（年代相距较远）。但在另一方面，认为第欧根尼与阿那克拉戈萨大致在同一时期活跃的观点则是没有争议的。

关于阿波罗尼亚的第欧根尼是写了一本书，还是写了四本书，一直存在很多争论。他的作品仅有某些片段流传至今。我们所掌握的第欧根尼作品的大部分片段来自辛普利丘斯对亚里士多德的《物理学》和《论气象》的评论中对其观点的引用。

在评论中，辛普利修斯写道：

由于研究者普遍认为阿波罗尼亚的第欧根尼的观点类似于阿那克西美尼，他认为”气“是构成物质的基本元素，而尼古拉斯在他的神学研究中写道，第欧根尼斯宣称物质的原理介于火和气之间…，

我们必须知道，这位第欧根尼写了几本书（正如他自己在《论自然》（On Nature）中说的那样，他反对那些被他称为'诡辩者‘的物理学家的观点，并自己写了一本《气学说》（Meteorology）——这本书中他提出了他的物质理论，除此之外他在《论人的本质》（ On the Nature of Man）中对此亦有提及）这位第欧根尼在他的著作《论自然》中，起码在我拥有的他的著作中可以得知他提出了一个多方面的证明，以证实他关于”智慧“是物质世界运行的原则的观点。

争论的焦点在于，《论自然》是第欧根尼写的一本涵盖了许多不同但相互关联的主题（如人、气象学和诡辩家）的书，还是说《论自然》、《论人的本质》、《气学说》和《反诡辩家论》是四部独立的作品。

第尔斯(Hermann Diels），早期德国的前苏格拉底哲学家著作碎片整理者，倾向于前一种观点，而像柏奈特(John Burnet) 这样的评论家更倾向于后一种观点。

辛普利修斯在阅读第欧根尼的文章时也完全有可能感到困惑或谬误，因为他自己提供的第欧根尼斯作品的引文中包含了其他的内容，例如关于人的本质的讨论。如果阿波罗尼亚的第欧根尼确实只写了一本《论自然》的话，这（关于人的本质的探讨）是不可能出现的。

与此同时，我们从医学作家盖伦的一篇作品中得到证据，证明某个名为第欧根尼的人写了一篇论文，论述了许多疾病及其病因和治疗方法。这位第欧根尼很可能就是阿波罗尼亚的第欧根尼，因为我们从盖伦（和泰奥弗拉斯托斯）那里得到了其他证据，说明第欧根尼持有对通过分析病人的舌头和一般肤色来诊断病人的观点。

这些证据，再加上他对解剖学和静脉功能的讨论，使我们了解到第欧根尼很可能是一位可以撰写一篇技术医学论文的专业的医生。另一个有趣的证据表明，第欧根尼可能是一名医生，那就是他对自己的写作形式提出的方法论主张，这些主张听起来与希波克拉底文集中一些更具哲学色彩的作品开头所说的非常相似。

提奥奇尼斯·拉尔修斯说，这是提奥奇尼斯这本书的第一行：

“我的意见是，作者在任何叙述的开始，都应该使他的原则或起点无可争辩，使他的解释简单而庄重”

这种严肃的写作方法经常受到早期医学思想家的拥护。