克隆是英文“clone”或“cloning”的音译,而英文“clone”则起源于希腊文“Klone”,原意是指以幼苗或嫩枝插条。1963年J.B.S.Haldane在题为“人类种族在未来二万年的生物可能性”的演讲上采用“克隆(Clone)”的术语,把“克隆技术”带到了人们的视野中。

克隆技术又称为“生物放大技术”,目前应用最广泛的技术为“分子克隆”,又称重组DNA技术,即通过重组技术将目的DNA片段按照人们的设计定向连接起来,在特定的受体细胞中与载体同时复制并得到表达,产生新的遗传性状的技术。

随着分子生物学研究的不断深入,分子克隆技术也随之更新迭代,从传统的依赖限制性内切酶的方法发展到如今的TA克隆、TOPO克隆、无缝克隆、Gateway技术等等,新的技术不断涌现,为分子生物学的发展和进化提供新的力量。今天小翌就带领大家认识一下不同的分子克隆方法。

01
传统分子克隆技术

传统分子克隆技术的依赖于限制性内切酶和酶切位点。主要步骤是通过限制性内切酶(翌圣的FuniCut™快速限制性内切酶Cat#15001ES-15051ES)酶切载体和目的基因,通过连接酶(翌圣T4 DNA连接酶Cat#10300)将酶切的片段拼接在一起(即连接过程),形成可以表达目的基因的新载体(即重组质粒),使用转化技术转化至感受态细胞中,进而实现目的基因的扩增、转录和翻译。

传统分子克隆实验流程如下图:

图1.传统分子克隆实验流程

该技术最早由Cohen Group在1973年实现,他们将E.coli的tetr质粒psclol和nersrR6-3质粒体外限制酶切割,连接成新的质粒,转化E.coli,在含四环素和新霉素的平板上筛选出了terrNer,实现了细菌遗传性状的转移。传统分子克隆技术较为成熟,但是该方法受到限制性酶切位点和连接效率等方面的限制,并不能高效、准确的克隆需要的目的基因。

图2. Stanley Cohen和Herbert Boyer(第一个成功实现基因工程技术的团队)

02
TA克隆
TA克隆(Original TA Cloning Kit),依赖于PCR反应中所使用的聚合酶具有末端转移的活性,通常在克隆片段的3’末端加上A尾(即3’-A),通过连接酶(翌圣T4 DNA连接酶Cat#10300)把克隆片段与一个具有3’-T突出的载体DNA连接起来。主要应用于不清楚目的基因DNA序列的实验,通过TA克隆重组到T-载体后,使用T-载体的上下游引物扩增片段,测序,最终确定目的基因序列。其中,聚合酶的选择尤为重要,翌圣普通PCR试剂盒(Cat#10102/10103/10157)、翌圣快速PCR试剂盒(Cat#10157)均具有Taq DNA聚合酶,扩增后的PCR产物具有3’-dA突出端,可轻松克隆至T载体。

图3. TA克隆流程示意图【3】

03
TOPO克隆
TOPO克隆技术是通过TOPO载体上偶联的异构酶(Topoisomerase)实现插入片段的快速克隆。其原理是利用Topo载体两端通过磷酸键偶联的Topo酶,在连接反应中,受插入片段的5'端羟基的攻击,磷酸键释放能量。利用该能量,插入片段5'端羟基与载体片段3'端磷酸基团连接在一起,Topo异构酶从载体分子上脱落,完成连接反应。不同于传统的TA克隆,TOPO克隆能够在2-5 min内快速完成插入片段和载体的连接反应,操作简单,连接效率极高。

图4. TOPO克隆原理

目前市面上的产品,需根据DNA片段末端的不同,选择不同的TOPO克隆试剂盒。而翌圣新品零背景通用型TOPO克隆试剂盒(Cat#10906),能够兼容平末端产物或粘性末端产物,不受片段末端影响,快速克隆连接,效率高,阳性率接近100%,如图5所示。

图5. TOPO TA/Blunt克隆试剂盒轻松连接2 kb(10 ng)平末端/粘性末端片段
注:A&B:TOPO克隆转化平板。C&D:插入片段PCR鉴定电泳图。

04
无缝克隆技术
传统克隆和TA克隆两种方法费时费力,过程繁冗,为了解决限制性酶切位点的限制,科学家们研发出新的、快速、简洁、高效的克隆技术——无缝克隆,区别于传统分子克隆,唯一的差异在于载体末端和引物末端应具有15-20个同源碱基,由此得到的PCR产物两端便分别带上15-20个与载体序列同源性的碱基,依靠碱基间作用力互补配对成环,不经过酶切,PCR产物和线性化载体在同源重组酶的作用下,经过一定的时间和温度即可进行转化,完成定向克隆。

图6.同源重组原理

无缝克隆技术最早是2009年由Daniel Gibson和J. Craig Venter发展起来,广泛应用的方法包括两种Gibson Assembly和In-Fusion Cloning,原理都是通过外切酶产生黏性末端,再通过同源重组酶的连接得到重组片段,但是两种方法的外切酶完全不同,形成重组序列的方式也不一样。

Gibson Assembly:包含T5 exonuclease、Phusion DNA polymerase和Taq DNA Ligase三种酶,通过5’→3’ T5核酸外切酶活性,沿着5’→3’方向降解dsDNA,产生3’黏性末端,通过同源臂互补配对,退火后借助Phusion DNA聚合酶修复片段上的缺口,Taq DNA连接酶催化片段形成磷酸二酯键,将所有缺口补齐,获得重组片段。

图7. Gibson Assembly原理图【5】

In-Fusion Cloning:具有3’→5’ 核酸外切酶,能够识别3’末端碱基,沿着3’→5’ 方向降解dsDNA,产生5’黏性末端,同源臂互补,退火后配对,因为其不含连接酶,所以要将重组片段转化到感受态细胞内,序列中的缺口会在感受态体内补平、连接,获得重组片段。

图8. In-Fusion Cloning原理【6】

翌圣同源重组试剂盒利用无缝克隆技术,仅需50℃反应20 min即可转化,完成定向克隆,克隆阳性率可达95%以上。其中,翌圣一步法快速克隆试剂盒(Cat#10911ES)可连接单片段,该试剂盒已发文章累计IF达到1000+。翌圣通用型一步法快速克隆试剂盒(Cat#10922ES)可连接1-6片段,最长连接片段可达23 kb,是多片段连接的不二之选。
通过上述的介绍,相信大家已经初步了解了目前实验室中常用的分子克隆技术,那么还有哪些新开发的分子克隆技术呢?无缝克隆中不常见、特殊的分子克隆技术又有哪些呢?关注我们,小翌会在下一期的分子克隆技术专题中,给大家介绍新的分子克隆技术,为您的实验带来新的思路与方向,期待下一次的见面~
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翌圣小仙女

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