随着大规模组学的测序,基因功能研究越来越普及了,也越来越深入了,近年来发表的文章会说这个基因涉及到哪些通路,如果发挥具体作用,这就涉及到基因通路中互作蛋白的验证了。
互作蛋白怎么找,这是一个比较常见的问题,但也是一个看着非常简单,但实际非常复杂的问题(这是生物博士非常关注的一个问题)。科研的路上很孤独,不妨看看施一公院士的首部作品自我突围,这本书写给教育科研工作者,写给青年学子,在追求理想的道路上步履不停,共同前行。
今天介绍一个发表在Cell杂志上的关于互作蛋白预测的功能网站,汇编包含了来自拟南芥、甘蓝(西兰花)、大豆(大豆)、大麻(大麻)、茄子(番茄)、藜麦(藜麦)、玉米(玉米)、水稻(Oryza Sativa SSP)的蛋白质组数据。

网站地址:http://plants.proteincomplexes.org/。

蛋白质相互作用提供了一种通过关联内疚来表征、证实和预测蛋白质功能的方法。我们发现了几个例子,在文献中可以证实与未表征的蛋白质的顶级相互作用,作为额外的阳性对照。例如,与拟南芥蛋白AT5G14910最有信心的相互作用是叶绿体核糖体蛋白RPS1;这种相互作用在最近的一项研究中得到了独立的证实。

具体的实际验证可以看下面的具体步骤:

以拟南芥AT5G14910为例

得到结果如下,与拟南芥蛋白AT5G14910最有信心的相互作用是叶绿体核糖体蛋白RPS1;这种相互作用在最近的一项研究中得到了独立的证实

精读文献,学习别人的长处,发现别人的短处。欢迎大家一起理性交流讨论,个人见解,非喜勿喷!祝大家都能发CNS,都能早日带上帽子,杰青,院士!(多多照顾一下普通的科研工作者,他们也一直在进行不断的自我突围,突破层层障碍,用自己小小的成果点亮科研的小道)。
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