2004年国务院印发《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》（国发〔2004〕28号，以下简称“国发28号文件”），国发28号文件中明确提出“完善土地执法监察体制，建立国家土地督察制度，设立国家土地总督察，向地方派驻土地督察专员，监督土地执法行为”。这是首次明确提出在我国建立国家土地督察制度。

2006年，国务院印发《国务院办公厅关于建立国家土地督察制度有关问题的通知》（国办发〔2006〕50号，以下简称“国发50号文件”），根据该文件的规定，国务院授权国土资源部代表国务院对各省、自治区、直辖市以及计划单列市人民政府土地利用和管理情况进行监督检查。国家土地总督察、副总督察负责组织实施国家土地督察制度。

2008年国务院办公厅印发《国土资源部主要职责内设机构和人员编制规定》（国办发〔2008〕71号），明确规定了国家土地督察机构的职责、编制和人员。2018年机构改革组建自然资源部，中共中央办公厅、国务院办公厅于2018年8月1日印发了《自然资源部职能配置、内设机构和人员编制规定》（厅字〔2018〕69号），明确规定了国家自然资源督察机构的职责、编制和人员。

2019年《土地管理法》在总则中新增第六条规定：“国务院授权的机构对省、自治区、直辖市人民政府以及国务院确定的城市人民政府土地利用和土地管理情况进行督察。”这一规定标志着国家土地督察制度正式成为土地管理的法律制度。

2021年修订的《土地管理法实施条例》在《土地管理法》的基础上，结合督察制度实施以来的实践经验，进一步明确了督察主体、督察范围、督察权的行使方式，构建了土地督察运作的基本规则框架。

1、督查主体：2019年《土地管理法》第六条规定，履行土地督察职能的主体为“国务院授权的机构”。2021年修订的《土地管理法实施条例》进一步明确履行土地督察职能的机构为“国家自然资源督察机构”，即自然资源部向地方派驻的9个国家自然资源督察局。

2、督查范围：根据《土地管理法》第六条之规定，督察机构的督察内容为“土地利用和土地管理情况”，2021年修订的《土地管理法实施条例》第四十四条将其细化为六个方面内容：（1）耕地保护情况；（2）土地节约集约利用情况；（3）国土空间规划编制和实施情况；（4）国家有关土地管理重大决策落实情况；（5）土地管理法律、行政法规执行情况；（6）其他土地利用和土地管理情况。

3、督察权的行使方式：根据《土地管理法实施条例》第四十五条和四十六条之规定，国家自然资源督察机构行使土地督察权主要通过四种方式，一是调查了解，即在督察过程中，督察机构有权向有关单位和个人了解督察事项有关情况。《土地管理法实施条例》还明确了有关单位和个人支持、协助督察机构工作，如实反映情况，并提供有关材料的法定义务；二是下达督察意见书，即督察机构在督查过程中，发现被督察的地方人民政府违反土地管理法律、行政法规，或者落实国家有关土地管理重大决策不力的，可以向被督察的地方人民政府下达督察意见书，地方人民政府应当认真组织整改，并及时报告整改情况；三是约谈，即督察机构在督查过程中，约见对落实党中央、国务院重大决策部署不力，或者违法违规问题突出的地方党委政府有关负责人及其相关部门负责人，指出相关问题、听取情况说明、提出整改建议；四是提出追责建议，《土地管理法实施条例》规定，督察机构可以依法向监察机关、任免机关提出追究相关责任人责任的建议。