一
DiTing
DiTing是一个根据宏组学测序数据推断和比较生物地球化学途径的工具软件。该工具基于KEGG数据库及手动创建的DMSP循环基因数据库，开发了包括11种循环、近100种生物地球化学途径的特定公式来计算各途径的相对丰度。利用DiTing进行分析，可从环境组学数据中获得有关微生物驱动的生物地球化学循环的丰富信息。
美格基因根据DiTing提供的生物地球化学途径与基因的对应关系，对宏基因组和高通量qPCR碳氮磷硫功能基因芯片分别开发对应的元素循环分析包，帮您轻松分析宏基因组、碳氮磷硫功能基因芯片元素循环。
图3. DiTing流程图
二
宏基因组元素循环分析
根据DiTing提供的生物地球化学途径与基因的对应关系，提取出参与碳、氮、磷、硫等元素循环的功能基因（涵盖6个循环、65个通路、547个功能基因），基于宏基因组得到的KEGG注释、物种注释结果和DiTing的循环通路丰度计算公式，对参与碳、氮、磷、硫等元素循环的功能基因进行丰度堆叠条形图分析、代谢循环基因热图分析、物种代谢循环分析、循环通路丰度分析及元素循环路径的可视化分析。
表1. 循环通路及基因数
分析结果展示
三
碳氮磷硫功能基因芯片元素循环分析
基于高通量qPCR技术的碳氮磷硫功能基因芯片，可对71个碳氮磷硫功能基因进行相对和绝对定量，拓展了群落微生物研究的新的思路。根据DiTing提供的生物地球化学途径与基因的对应关系，从碳氮磷硫功能基因芯片检测的功能基因中，提取了参与碳、氮、硫元素循环相关的功能基因（涵盖3个循环、24个通路、36个功能基因），基于芯片检测结果和DiTing的循环通路丰度计算公式，对参与碳、氮、硫元素循环基因进行丰度堆叠条形图分析、聚类热图分析、循环通路丰度分析及元素循环路径的可视化分析。
表2. 循环通路及基因数
注：部分基因涵盖多个通路
分析结果展示
您可能还喜欢：
