一、来源不同

转基因西红柿：转基因西红柿是通过转基因技术，将其他植物基因与番茄基因合成并培植得到的。

普通西红柿：西红柿是茄科番茄属的一年生或多年生草本植物，没有经过转基因操作。

二、外观不同

转基因西红柿：转基因西红柿因为转接了其他植物的基因，所以西红柿的颜色大小都改变了，例如黑番茄。

普通西红柿：西红柿呈扁球状或近球状，果皮为桔黄色或鲜红色，种子为种子黄色。

三、特性习性不同

转基因西红柿：转基因西红柿具有抵抗干旱，安全且高产的特性。

普通西红柿：普通西红柿是温性的蔬菜，根系生长最适土温为20-22℃