回鹘人在敦煌的活动长达5个多世纪，留下了丰富的石窟艺术遗产。近期，随着回鹘历史文化研究的深入推进，回鹘石窟以及相关的壁画、服饰等研究受到了学界的注目。目前，学术界在敦煌回鹘石窟研究领域关于石窟分期断代、艺术风格、服饰文化、供养人像等方面的研究陆续有了新的进展。由于汉文史籍对瓜沙地区回鹘历史文化的记载既零星又分散，敦煌出土的回鹘文资料虽数量不少，但大多为佛教内容，致使学术界对敦煌回鹘石窟的研究受到了较大的局限，学术界对敦煌回鹘石窟的厘定常常仰赖于敦煌石窟以外的其他时代比较清楚的回鹘艺术品作为参照，再加上敦煌晚期石窟民族风格的多样性和复杂性，近年的研究虽然颇有进展，但存在的问题亦愈发突出，尤其是学者们的研究主要集中于沙州回鹘国时期的石窟，而很少论及其前归义军时代和其后元代的回鹘窟。

由于条件的局限，彼时完全没有考虑回鹘的因素，对蒙古因素的考虑也很少。刘玉权先生的这一研究成果于1982年发表，是后不久，他有缘亲赴新疆地区对高昌石窟进行考察，始发现原先所确认的“西夏石窟”中其实有不少应为回鹘之物，于是新撰《关于沙州回鹘洞窟的划分》一文，首次提出“沙州回鹘洞窟”这一概念，认为在敦煌莫高窟、西千佛洞和瓜州榆林窟中可以见到不少的回鹘洞窟，这些回鹘洞窟的划分很大一部分是通过与敦煌以外的回鹘佛教石窟艺术比较所确认的，尤其是与新疆吐鲁番地区高昌回鹘时期洞窟壁画艺术风格颇为近似，某些局部或细节基本相同，甚至完全相同”。刘先生修改旧说，把原来归入西夏窟的18个洞窟归入回鹘窟，加上从敦煌西千佛洞划分出来的5个回鹘窟，共得沙州回鹘窟23个。回鹘在敦煌的历史学界多有论及，河西回鹘登上敦煌的历史舞台较为清晰的记载自回鹘840年西迁伊始。

近年的研究成果表明直至元朝敦煌依然有回鹘的踪迹，而且活动频繁。通过文献可见，回鹘自840年被黠戛斯击散西迁河西走廊以后仍然顽强地开辟新的生存之路。初依吐蕃，吐蕃帝国灭亡后又依附于归义军政权。大致自10世纪下半叶开始，沙州回鹘集团的势力逐步壮大起来，并逐步控制了沙州，以至于当曹氏归义军节度使曹恭顺入辽朝贡时，被辽朝封为“沙州回鹘敦煌郡王”。敦煌石窟中不仅可以看到甘州回鹘天公主、沙州回鹘可敦的形象，而且明显可以看出归义军节度使眷属身着回鹘装的形象（如榆林窟第16窟甬道曹延禄供养像），体现出归义军政权的回鹘化现象，更是彰显了回鹘民族在西迁以后顽强的生命力和文化魅力。回鹘在敦煌有着长达500年左右的历史活动，在敦煌留下了丰富的文化遗产。

敦煌发现的回鹘文文献数量众多，大体可分为两大部分，一为莫高窟藏经洞出土的早期文献，其中30余件属于9—10世纪的早期回鹘语文献由法国学者哈密顿（J.Hamilton）刊布。以其刊本为基础，杨富学、牛汝极合力对这些文献进行进一步研究，并译为汉文，为国人的研究提供了方便。另一部分为敦煌莫高窟北区出土的晚期回鹘文文献。这一部分又可分为两种情况，其一为20世纪初以来莫高窟北区陆续发现的文献，其二为20世纪80至90年代敦煌研究院考古人员对莫高窟北区进行清理发掘所获晚期回鹘文文献。除了回鹘文写本外，敦煌石窟中还保留了为数丰富的回鹘文题记。通过解读可以看出，这些题记大多为元代之物。敦煌发现的回鹘文文献数量堪称丰富，尤其是莫高窟北区发现的文献不仅部头大，而且很多保存完好，为研究敦煌回鹘文化与石窟艺术提供了重要的历史依据。

目前学界对敦煌回鹘石窟的研究较多侧重在沙州回鹘国时期，即沙州回鹘的族源、政权的建立、政权组织、社会性质、经济、文化、宗教与石窟方面。谈及敦煌回鹘石窟难以避开敦煌回鹘的历史问题，有关这一问题，学术界争议颇多的主要集中在沙州回鹘的存在、时间问题以及其政权的所属问题。先是日本学者森安孝夫撰文指出最晚11世纪初或12世纪前半叶，沙州即存在回鹘集团，且沙州回鹘并非为甘州回鹘所管辖，认为沙州回鹘的来源极有可能为西州回鹘。嗣后，李正宇、杨富学同时撰文对这一观点提出不同意见。李正宇通过北宋和南宋前期的著述论证沙州回鹘政权于公元1036年夺取了瓜沙地区统治权，到公元1068年被西夏所占领。沙州回鹘政权直接统治瓜沙地区历时31年。

杨富学以汉文史籍和敦煌回鹘文献为依据，结合敦煌石窟中的回鹘壁画、回鹘文题记，着重论证沙州回鹘的存在，并认为西夏于1036年并未在沙州建立有效的统治，大致在1068年西夏政权再次占领沙州。与李、杨大体同时，刘玉权提出在1030年沙州回鹘政权取代了曹氏归义军政权并统治了沙州，后于1120年消亡。但证据不足，难以取信。针对李正宇、杨富学的商榷意见，森安孝夫又撰《沙州回鹘与西州回鹘》，认为至迟到11世纪早期在敦煌地区曾经有过一个回鹘团体，这个团体起初曾操纵归义军节度使曹贤顺，甚至彻底统治了沙州，认为沙州回鹘政治上隶属于西州回鹘，且认为敦煌发现的回鹘文文献皆出自西州回鹘国人之手，沙州回鹘集团于10世纪末至11世纪在西州回鹘的统治之下不断发展。