最近被人问起KASP标记设计的问题,让我想到了网站上尘封已久的一个工具。想着很多老师和同学需要,那就预先释放一个Beta版本供大家使用。

这个工具的名字是CAPS/KASP (Beta)。点击首页的Tools/Browse就可以看到。

按照输入框的格式输入你要设计引物的信息即可。需要注意的是,名字ID保持唯一(多次提交相同的内容,名字也要改掉),染色体一定要与你选择的基因组对应,序列也要完全一致。比如,你给的染色体是1A,但比对到你选择的基因组上发现是2D,此时100%会出错。

这个工具的后台是调用的张军利老师的小程序(https://github.com/pinbo/SNP_Primer_Pipeline)。有能力的同学可以自行搭建或者使用命令行进行高通量的设计。说到这里,其实完全可以根据已有的SNP数据进行预先设计,然后放在网站上供大家直接输入标记的名字查询即可。后面等测序数据更多以后,我们网站会提供这样一个功能。如果碰到问题,可通过邮件反馈(shengweima@icloud.com)。友情提醒:发邮件时请报一下自己的名字、单位和课题组等,会加快我邮件处理的速度。如果还能抄送给你的老师,可能处理的速度会更快。为啥要提醒下,因为我收到10封邮件,有9封都不会写名字。

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创作者kjasfna

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