辛亥革命虽然推翻了清王朝的统治，建立了中华民国，但没有完成反帝反封建的任务。不仅如此，辛亥革命的成果被军阀窃取，国家陷入了分裂和战乱，人民仍生活在水深火热当中。
1921年5月5日，孙中山在广州就任中华民国非常任大总统，为了捍卫辛亥革命的成果，宣告讨伐北洋军阀。
10月8日，广州国会非常会议通过了孙中山的北伐议案，决定率领革命军出师北伐，统一中国。
孙中山
10月的一天，孙中山乘坐宝璧号炮舰从广东溯江而上，10月17日下午抵达梧州，随行的人员还有胡汉民、廖仲恺、陈少白、邓家彦及总统府参军等20余人。
孙中山在梧州调兵造将，他在梧州大校场面对数万群众，发表慷慨陈词演说：“军阀割据，内战频繁，国家分裂，民不聊生。为了铲除万恶的北洋军阀，统一祖国，本大总统特率革命大军，出师北伐。”
孙中山率领北伐军船队离开梧州后，沿着桂江而上。
11月15日，孙中山的北伐部队兵分两路，一路沿水路行进，另一路走陆路。在往桂林北上的过程中，有一艘运兵船在倒水镇高稳村乌龙滩搁浅了，这艘船直到1998年才被文物考古工作者在9米深的水中打捞出来。
北伐军
11月27日，孙中山抵达平乐，下令各军在桂林集中。两天后，乘坐军舰到达阳朔，在阳朔县城作了题为“实行三民主义及开发阳朔富源泉方法”的演讲。
在途经兴坪赵氏渔村时，孙中山看见这里山川非常雄伟，是一个很好的军事要地，于是就在地方驻军赵元杰的陪同之下，带领随从登临天水寨，并对渔村的美丽古朴大加赞赏。
12月4日，孙中山顺利抵达桂林，把北伐军的大本营设立在了桂林独秀峰下的靖江王城，随后妻子宋庆龄率领红十字会会员也赶到了这里。
早在明朝朱元璋建立政权以后，就认为独秀峰是一个潜龙之地，于是封他的侄孙为靖江王使，还把独秀峰一带作为靖江王城加以建设。
这里的一砖一瓦，一草一木，都见证了北伐大本营所经历的那些重大历史事件。孙中山先后集中10个混成旅30多营约5万人，将其整编为7个军，督导训练，准备分三批陆续出师北伐。
根据新中国开国元帅叶剑英在《孙中山先生的思想和大无畏精神》一文中回忆：
“孙中山根据过去几十年革命的经验，以及当前的情况，了解到要想革命，非有革命武装不可，不能光靠暴动和运动旧军队倒戈的办法，因此在桂林独秀峰下开始了整军。”
这是孙中山第一次亲自参与军队的组织建设和思想建设的整军，成立了陆海军大元帅大本营及所属机构，全军统一供给训练和作战行动。
从桂林流向梧州的抚河，即漓江、桂江，这条河是北伐军的主要运输干线。然而，一些军官长期欺压百姓，征用民船在这里从事商业活动，从中谋取利益。
1921年的叶剑英
北伐军大本营在桂林建立之后，孙中山成立了抚河船务管理局，对抚河的船只进行统一管理，并派兵保护运输，叶剑英被任命为护航的第二营营长。
除此之外，孙中山还建立了供给局，设立兵站，以防止军队骚扰百姓。
叶剑英在后来回忆说：“当时的整军是采取两种方式进行的，对团长以上的军官，采用中山先生亲自讲课的办法；对连排级军官，则以军官教导团的方式加以整。我也曾听过几堂课，如孙中山先生那时把革命称为人民革命，要建立民治、民有、民享的国家，以及对智、仁、勇的解释，都给了我深刻的印象。”
在独秀峰下，孙中山演讲了《革命军人精神教育》，这是桂林整军的光辉文献，其中指出：
“总括宇宙现象，不外物质与精神二者。精神虽为物质之对，然实相辅为用也......故在今日而言救国救民，必要革命，革命须有精神。”
孙中山
孙中山号召北伐军的将士发扬智、仁、勇的军人精神，肩负革命重任，完成救国救民的大业。
桂林整军是孙中山第一次领导和亲自参与军队组织建设和思想建设，从组织上、政治思想上、军事上教育和改造旧军队的具体实践，不仅团结教育了各支北伐军队，而且将一批北伐军中下军官的热血青年培养成为了革命骨干力量。
当时在桂林的北伐军中，汇集了一批民族的精华，他们在后来国共合作的北伐战争中，做出了重大贡献。其中的叶挺、叶剑英等人，就是最为杰出的代表人物。
通过这次桂林整军，使得孙中山的建军思想日渐趋向成熟。
北伐军
孙中山在桂林期间，还做了一件具有重大历史意义的活动，那就是会见共产国际代表马林。
孙中山的革命斗争几经挫折，他深感中国革命必须改弦易帜，俄国十月革命的胜利给他带来了新的希望。他很想了解俄国革命成功的原因，并寻求苏俄对中国国民革命的援助。
1921年6月初，共产国际代表马林到达上海，他积极推动了中国共产党的建立。同年12月，孙中山在桂林会见了马林，两人在9天时间里数次长谈。
马林向孙中山建议说，要联合各革命阶级改组国民党，建立革命军队等等。通过会谈，孙中山对以俄为师和扶助农工的观念日益明晰。
马林
会谈结束之后，使孙中山对苏俄有了进一步的了解和认识，他立即写信给廖仲恺等人，对这次会谈表示非常满意。他在信中明确指出：“美国、法国的共和是旧式的，而俄国的共和是新式的。”
桂林北伐大本营时期，孙中山的革命思想有了伟大转变，他认识到要取得中国民主革命的胜利，就必须要建立一支革命党所掌握的革命军队。国民党也必须增添新鲜血液，以重获新生。
与此同时，孙中山还曾到丽泽门外凭吊武昌起义的元勋蒋翊武，缅怀先烈的事迹。他接受桂林的一个老同盟会员的建议，在此立碑纪念，并亲自题写“开国元勋蒋翊武先生就义处”。
早在1913年7月，蒋翊武返回湖南参加二次革命，失败后遭到通缉。8月29日，南行至广西全州府兴安县境内时，被驻军统领秦步衢的部下所捕，随后押解至桂林。在袁世凯的授意下，蒋翊武被广西都督陆荣廷枪杀。
1922年2月27日，孙中山在桂林陆军学院的演兵场举行阅兵和授旗仪式，他率领全体官兵宣誓：“民国存亡，同胞祸福，革命成败，自身忧乐，在此一举。救国救民，为公为私，唯有奋斗，万众一心，有进无退。”
北伐军前锋部队由桂林进入湖南，湖南军阀赵恒惕发出通电：“拒绝北伐军入湘”。
就在此时，粤军总司令陈炯明阻挠和破坏北伐，而支持北伐的粤军总司令部参谋长兼粤军第一师师长邓铿却被暗杀。
3月26日，孙中山在桂林北伐大本营召开紧急军事会议，认为陈炯明居心叵测，广东后方不稳，决定变更北伐计划。
于是，孙中山乘坐军舰离开桂林，于4月16日抵达梧州。这是孙中山北伐期间第三次驻节梧州，他首先免除了陈炯明内务总长、广东省长和粤军总司令等职，以示对陈炯明阻挠北伐的惩戒，保留其陆军部长一职，以促使他悔悟。
徐世昌
孙中山下令北伐军由桂林回师返回广东，北伐军大本营移至广东韶关。
此前，孙中山对中国社会各界声明：“只要北京的非法总统徐世昌辞职下野，恢复《中华民国临时约法》，我孙文也立即辞职下野。”
徐世昌被逼下台后，直系军阀曹锟恢复了《中华民国临时约法》，于是社会各界开始呼吁孙中山下野，其中也包括民间呼吁者胡适、蔡元培等一些社会知名人士。
然而，孙中山并没有理会这一批知识分子的呼吁，拒绝辞职下野。一时间，一些媒体哗声大起，孙中山也陷入了被动的境地。
孙中山
孙中山拒绝下野之后，他的追随者陈炯明，逐渐对自己的领袖产生了不满。陈炯明对孙中山表示异议，他说：“我们之所以一直闹革命，试图武力颠覆北洋政府，无非是因为北洋军阀废掉了《临时约法》，蹂躏了民主宪政。现在，既然《临时约法》已经恢复了，我们自然也就不必造反了，应该先在广东搞好“民主宪政”，逐步走向全国的和平统一。
孙中山不同意陈炯明的主张，坚持认为：“必须要武力北伐，打倒北洋政府。”
这样一来，陈炯明与孙中山两人的矛盾越来越深。
直到1922年6月12日，孙中山终于向陈炯明摊牌说：“你的部队（粤军）必须撤出广州周边三十里地之外。”
陈炯明
6月14日，陈炯明发表了《粤军全体官兵请孙中山下野电》的通电，呼吁孙中山辞职下野，但孙中山依然不予理会。
6月16日凌晨3点钟，陈炯明的部下叶举、洪兆麟公然率军炮轰越秀楼的总统府，孙中山被迫逃到永丰舰上避难。
这一次的北伐战争虽然失败了，但孙中山在桂林建立北伐大本营的活动，却在中国历史上留下了一座高耸入云的里程碑。
