1988~1989年
1988年设海南省,行政中心驻海口市,辖2地级市、1县级市、9县、7自治县和西沙、南沙、中沙群岛的岛礁及其海域。
1990~1999年
1990年设海口市振东区、新华区、秀英区。1992年琼海撤县设县级市。1993年儋县撤县设县级儋州市。1994年琼山撤县设县级市。1995年文昌撤县设县级市。1996年万宁撤县设县级市。1997年撤东方黎族自治县,设县级东方市。2000~2018年
2012年6月21日,民政部公告宣布,国务院正式批准,撤销西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处,建立地级三沙市,政府驻西沙永兴岛。