曹俊越博士等开发研究大量单细胞基因表达动态分析技术
BioArt生物艺术2020-04-14 19:58
责编丨兮
在生命的产生或者疾病的发育过程中，我们身体里的每一个细胞都在经历分子和功能层面的动态变化。虽然目前高通量单细胞测序技术的快速发展使我们可以同时研究上百万个细胞的基因表达特征，这些技术依然局限于描述细胞的静态状态而忽略了动态变化。相反，延时显微镜可以通过实验测量细胞的动态转变，但仅限于研究培养皿中少数细胞中的少数标记基因，因此可能不足以解释许多生物系统的复杂性。
为了解决这个问题，2020年4月13日，来自于华盛顿大学Jay Shendure实验室的曹俊越博士（第一和共同通讯作者）在Nature Biotechnology杂志上发表了文章Sci-fate characterizes the dynamics of gene expression in single cells。研究人员发明了一项新的技术：sci-fate，用于研究大量单细胞在转录组水平的基因表达动态。
这项技术通过结合曹博士2017年研发的高通量单细胞测序技术 sci-RNA-seq和 4-硫尿苷（4sU）标记新生mRNA技术，从而可以大规模的分析几千到几百万个单细胞中的整个和新合成的转录组。这项技术被应用于研究 > 6,000个癌细胞的皮质醇反应。从这些数据，他们量化了细胞在细胞周期和糖皮质激素受体激活过程中的动态变化，发现了相关转录因子和基因的相互作用网络，并开发了分析和预测细胞状态转变的计算框架。这篇文章描述的方法可以广泛适用于定量研究各种系统中的单细胞转录组的动态变化和基因调控网络。
个人简介
曹俊越博士本科毕业于北京大学生命科学学院，并于2015-2019年获得华盛顿大学分子和细胞生物学博士学位，主要从事高通量单细胞测序技术的研发以及在系统发育学的应用（Cao et al, Science, 2017; Cao et al, Science, 2018; Cao et al, Nature, 2019, Cao et al, Nature Biotechnology, 2020）。他曾获得Verna Chapman Young Scientist Award， WAGS/UMI Outstanding Innovation in Technology award以及国家优秀自费留学生奖学金。
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