按照病原体种类对肺炎进行分类可分为：细菌性肺炎、病毒性肺炎、真菌性肺炎以及支原体肺炎。

1. 细菌性肺炎

细菌性肺炎是临床上最常见的肺炎之一，主要是由细菌性感染引起的肺组织发生炎性病变，其病原体主要有肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯杆菌以及铜绿假单胞菌等。患者主要表现为咳嗽、咳痰，或原有呼吸道症状加重，并出现脓性痰或血痰，伴或不伴胸痛。

2. 真菌性肺炎

真菌性肺炎是由真菌感染肺部所造成的肺部炎症，常见于老年体弱、免疫力低下的人群，或患有慢性肺病的病人。 其主要真菌有组织胞浆菌、粗球孢子菌以及皮炎芽生菌。主要的症状有寒战起病，继而发生高热，体温可以高达39-40℃。伴随头痛、全身肌肉酸痛、食欲不振、刺激性的干咳，继而咳出白色的黏液痰或者血痰、脓性痰。

3. 支原体肺炎

支原体肺炎主要是由肺炎支原体引起的急性肺部疾病。主要表现为干咳、发热，易在人群密集的环境中发生，可通过飞沫和直接接触传播。

4. 病毒性肺炎

病毒性肺炎主要是由上呼吸道病毒感染、向下蔓延所致的肺部炎症。多见于冬春季节发生，可暴发或散发流行。常见有流感病毒、副流感病毒以及引起本次疫情的冠状病毒。临床主要表现为发热、头痛、全身酸痛、干咳及肺浸润等。病毒性肺炎的发生与病毒的毒力、感染途径以及宿主的年龄、免疫功能状态等有关。曾在我国爆发的严重急性呼吸综合征（SARS）、在中东爆发的中东呼吸综合征（MERS）以及本次武汉爆发的新型冠状病毒肺炎均属于病毒性肺炎，但其冠状病毒属种不同和较高的变异率，为临床治疗带来了极大挑战。临床上肺炎的种类很多，通常要根据肺炎的感染类型来进行有针对性的选择用药。