蒙古的统治者最初信仰的佛教派系似乎是源自中原汉地的禅宗。1214年，蒙古军攻陷宁远（今山西五寨北），当时只有13岁的禅僧海云曾亲自拜见成吉思汗。1219年，成吉思汗在西域发布诏书，任命海云和他的师父中观统领汉地僧人，并免除他们的徭役。1242年，海云再次前往见忽必烈，阐述佛法的要义。在蒙哥汗时期，中原佛教势力从金朝末年遭受的重创中迅速恢复并发展。在这一时期，吐蕃佛教（通常称为喇嘛教）似乎也开始渗入蒙古宫廷。元代时期，吐蕃佛教在朝廷中的地位最为显赫；而在全国范围内，禅宗仍然最为流行。与此同时，白云宗、白莲教等佛教派别在南方也拥有越来越多的信徒。至元初年，元政府成立了总制院负责管理吐蕃佛教事务，后来改称宣政院。在江南地区，诸路释教总统所设立，负责管理佛教事务。至元二十八年，江南行宣政院设立，驻地在杭州，不久后设立了总统所。

接着，江南行宣政院多次兴废。至顺年间，取消了行宣政院，设立了广教总管府，并在各地设立府治理佛教事务，由僧人管理，同时设立达鲁花赤一职，实行僧俗并用。元统二年（1334年），废除了广教总管府，重新设立了江南行宣政院。地方上的僧官包括僧录、正副都纲、僧正等，一般由政府任命僧人担任。出家需经官方批准，但私下里私度僧尼也相当普遍。据宣政院的统计，至元二十八年，全国拥有寺院24000余所，登记的僧尼共21万余人。元代设立了帝师一职，负责管理宣政院事务，既是吐蕃地区的政治和宗教领袖，也是全国佛教的最高领袖。帝师的法旨在全国各地的僧寺中执行。除了帝师，元廷还封一些“西蕃僧”为国师。在云南等地建立封邑的诸王，也常常向吐蕃延请僧人担任“王师”。出身于唐兀族的吐蕃僧人杨琏真迦曾统领江南诸路释教事务。云南诸路释教都总统节思朵、积律速南巴等人，都是吐蕃人。

吐蕃佛教僧人凭借其政治势力，在内地拥有许多规模宏大的寺院。一些吐蕃僧人还传授“大喜乐”、“秘密法”等教义，以取悦和巩固蒙古宫廷的支持；与此同时，他们也在中原、江南等地传教，尽管信徒数量不多。宋、金时期流传至今的佛教在内地仍然具有影响力，其形成的各宗派主要包括禅宗和教派（指天台、法相或称唯识、贾首或称华严等宗）。在元朝时期，禅宗在北方占据主导地位，曹洞宗和临济宗成为最为流行的两大宗派。其中，曹洞宗的万松行秀及其弟子福裕成为元代曹洞宗的主要传承者之一。而临济宗则以海云印简一系最为著名，在北方被元廷封为“临济正宗”，南方的临济宗也大为兴盛。至于云南地区的佛教，最初流行的是西域密教，但在元代中叶，禅僧雄辩和大休相继归入滇，标志着禅宗在云南开始传播。

据《佛祖历代通载》卷二一和《海云传》记载，宋代寺院已经分为禅、教（指天台、法相或称唯识、贾首或称华严等宗）。元廷在元二十五年（1288）曾集“江南教、禅、律三宗诸山至燕京（即大都）问法”，并据《佛祖统纪》，这次廷辩的结果，“使教冠于禅之上”。然而，无论是在南方还是北方社会，此后最为流行的仍然是禅宗中的曹洞和临济两家。曹洞宗在元初北方势力较大，著名的万松行秀（16—1246）成为出入于儒释之间的北方文士领袖。他的弟子福裕（1203—1275）后来在西京主持少林寺，成为元代曹洞宗的主要传承者之一。临济宗的传播最为广泛，北方的临济宗以海云印简（1202—1257）一系最为著名，因而后来被元廷封为“临济正宗”。南方的临济宗在宋元时期也十分兴盛。

在云南地区，最初流行的是西域密教，但至元代中叶，禅僧雄辩和大休相继归入滇，标志着禅宗在云南开始传播。元代佛教在云南和其他地方的发展在元代，尽管阿叱力教在云南长期盛行，但禅宗势力也开始在这一地区崭露头角。此时期，天台宗的玉冈蒙润（1275—1342）、华严宗的真觉文才（1241—1302）、法相宗的普觉英辩（1247—1314）和云岩志德（1235—1322），以及律宗的光教法闻（1260—1317）等知名僧人相继出现。另外，临坛大德律师惠汶（1260—1232）在河北等地传授戒法，使得成千上万的人在“两河之间、三监旧邑”接受了戒法。此外，从佛教派生出来的两个宗派，即白云宗和白莲教，在元代也占据一席之地。白云宗由洛阳宝应寺僧孔清觉（1043—1121）于北宋末期创立，主张素食念佛，因此又被称为白云宗。

它汲取天台教义，批判禅宗，在宋代一直被视为异端而受到禁止。然而，进入元代后，白云宗得到政府的承认，开始公开活动，并迅速发展，其中心在杭州普宁寺。然而，到延祐七年（1320），官方再次将其视为异端邪说而取缔，此后逐渐式微。白莲教起源于佛教净土宗的弥陀净土法门，由南宋初年的吴郡昆山僧人茅子元创立。这一教派不要求门徒出家，允许结婚生子，可以在家也可以出家修行，因此在下层社会迅速传播。到了13世纪二三十年代，已经“处处有习之者”，并且在宋朝灭亡之前已传播到了北方。元代白莲教的发展历程曲折。元朝统一后，白莲教徒中的一部分在宋朝灭亡后的次年，由杜万一领导起义，然而失败后，白莲教仍然取得了合法地位。在元成宗统治时期，庐山东林寺多次受到政府的赏赐，推动了该教在全国范围内的空前规模发展。然而，元政府内部对白莲教存在着不同的看法。

由于一些地方白莲教徒的骚乱活动，元武宗在继位之初（1308）下令“禁白莲社，毁其祠宇，使其人还隶属于民籍”（《元史·武宗纪》）。后来，镇江妙果白莲寺的和尚普度前往大都，通过国师感木鲁（即哈迷立）人必兰纳识里向皇太子爱育黎拔力八达游说，并为此上书武宗。爱育黎拔力八达即位后，下令恢复白莲教的合法地位。高丽国王成为了白莲教的信徒，并在国内建立了寿光寺白莲堂。然而，英宗即位后下令限制白莲教的活动。白莲教在民间的信徒数量不断增加，甚至在元末被红巾军起义所利用。在这一时期，元代开始传入内地包括吐蕃藏经的佛教经典。这些经典有些是重新翻译的汉译佛典，相当部分直接译自梵文。这导致了一些对汉文和藏文经典进行比较研究的著作的出现，比如吉庆祥的《至元法宝勘同总录》10卷。同时，一些藏文佛典在这个时期被翻译成汉文，被吸收到汉文藏经中。

在汉文藏经的刊印方面，至元时期，元政府对金代传下来的大藏经板进行了校补雕，刊印了36藏，并且在各地颁行。此外，武宗时期的大德们将藏文经典翻译成蒙文，但可惜的是它的刊本今已不传。值得一提的是，白云宗的僧人以及杭州普宁寺的住持道安、如一和如志等人也对这一时期的古历史产生了深远的影响。