2000年5月，万寿岩遗址被三明市列为市级文物保护单位；次年，实现了从市保到省保、国保的三级跳，并入选2000年度全国十大考古新发现，且名列榜首。

万寿岩遗址。图源：国家文物局

此后，2004至2005年间，又对万寿岩遗址进行了两次小规模的考古发掘。在船帆洞、灵峰洞中发现中更新世晚期（距今20万~18万年前）、晚更新世早期（距今10万年前）、晚更新世晚期（距今4万年前）和晚更新世末期（距今3万年前）4个文化层，共发现2500余件石制品和哺乳动物化石等。

多位重量级专家被请到三明，对万寿岩遗址重要遗迹及出土石器、化石进行鉴定、论证，包括时任国家文物局专家组组长黄景略、中国科学院古脊椎动物与古人类研究所张森水研究员和高星研究员、北京大学考古文博学院王幼平教授等。综合专家的论证意见，万寿岩的价值愈加凸显，主要表现在：

其一，万寿岩遗址的发现，填补了福建省旧石器时代考古的多项空白，将福建有人类活动的历史提前到了18.5万年前。此前，在三明清流县狐狸洞发掘出6颗距今约1万年的人牙化石，这曾被认为是通过考古证明是福建最早的古人类。

万寿岩前，复原古人类雕塑。福建日报记者 游庆辉 摄

在万寿岩遗址博物馆，除了常见的第四纪哺乳动物化石以及刮削器、砍砸器等打制石器之外，记者发现了一小截与众不同的动物骨头：前半段呈黑色，像被火烧过一样。“这是在山洞里发掘出来的火烧骨，说明当时的人类已经不满足于仅仅吃生食，也开始吃起了熟食，从而也证明了万寿岩旧石器时代的古人类已经掌握用火了。”万寿岩遗址博物馆副馆长、副研究馆员朱凯说。

其二，船帆洞下文化层距今约4万年的地层中，揭露出一块面积约120平方米的人工石铺地面，在我国尚属首次。“石铺地面的石料全都是大小不一、磨圆度中等的灰岩角砾，其中还夹杂着一些河滩砾石。由于溶洞本身并不产生河滩砾石，它的出现，说明是当时人类携带进洞穴的。”福建博物院范雪春研究员说。

三明万寿岩船帆洞遗址发现的人工石铺地面，“堪称人类最早的室内装修工程”。福建日报记者 游庆辉 摄

范雪春还介绍说，洞穴一侧的“U”字形排水沟槽清晰可见，从痕迹上明显可看出经过人工修凿加工。船帆洞是个石灰岩溶洞，洞里的钟乳石不断滴水，长此以往，地面积水，难以居住。石铺地面是当时的人类为了改善自身的居住条件和生活环境有意铺设的，是人类建筑的萌芽形态，充分显示了远古人类改造自然的聪明才智。

内排水沟槽。图源：国家文物局

中科院古脊椎动物与古人类研究所研究员尤玉柱认为，人工石铺地面和排水沟槽等重要遗迹，为研究早期古人类适应改造生活环境的能力提供了珍贵的实物资料，地面铺设时间约在近4万年前，“堪称人类最早的室内装修工程”。

其三，距今20万年和4万年的灵峰洞和船帆洞都出土了锐棱砸击石器。此前，1986年，台湾考古工作者在台东县八仙洞发现大量锐棱砸击石片和石核，经测定距今3.2万~1.5万年前。经过专家鉴定，两地发现的锐棱砸击石片、石核在制作工艺和类型上相同，这为佐证闽台史前文化在旧石器时代就是同根同源的提供了新的实物证据。

“北有周口店，南有万寿岩”，万寿岩声名渐扬，保护的步伐加快、力度加大。

万寿岩遗址展示馆。福建日报记者 游庆辉 摄

2002年8月，三明市成立万寿岩遗址文物保护管理所（2020年9月升格为万寿岩遗址保护中心）。2006年11月，万寿岩遗址博物馆建成、对外开放，这是福建省目前唯一的旧石器时代遗址博物馆。

同时，三明市规划建设了万寿岩国家考古遗址公园，2017年12月入列第三批国家考古遗址公园，是福建省首个且是目前唯一的国家考古遗址公园，2019年6月正式开园。

万寿岩国家考古遗址公园地质平面图。资料图

“我们将坚持‘核心做减法，外围做加法’原则，在做好文物保护的基础上，以‘创5A、申世遗’为目标，持续推进文旅融合发展，让古老的万寿岩在新时代焕发出勃勃生机。”万寿岩遗址保护中心主任李顺亮说。