听说富集分析有个概念叫Fold Enrichment
Y叔谈生信2019-07-24 16:52
fold enrichment是什么？当然问google。
这就很简单了，无非是GeneRatio / BgRatio而已嘛。clusterProfiler把这两值都给出来了，你无非就是除一下。所以我估计问这问题的小朋友不知道是什么，也不搜一下。
library(DOSE)data(geneList)de = names(geneList)[1:100]x = enrichDO(de)假设我们有这样一个富集分析的结果，那么我们可以用clusterProfiler.dplyr操作一下，衍生出一个FoldEnrichment的变量。
library(clusterProfiler.dplyr)x <-mutate(x, FoldEnrichment = parse_ratio(GeneRatio) / parse_ratio(BgRatio))这样就有了一个FoldEnrichment的值，假如你不放心的话，你可以检验一下。
> head(x, 2) ID Description GeneRatio BgRatio pvalue1 DOID:0060071 pre-malignant neoplasm 5/77 22/8007 1.671524e-062 DOID:5295 intestinal disease 9/77 157/8007 1.759049e-05 p.adjust qvalue geneID Count1 0.0006401937 0.0004609887 6280/6278/10232/332/4321 52 0.0027885022 0.0020079362 4312/6279/3627/10563/4283/890/366/4902/3620 9 FoldEnrichment1 23.6334122 5.961039比如这里第一个：
> 5/77 / (22/8007)[1] 23.63341然后这个变量有了，要输出表格的话as.data.frame然后再套个write.csv解决。要画图的话，那更加容易，变量就在富集结果之中，比如直接dotplot即可。
其实这个Fold Enrichment和Rich Factor是一个东西，FoldEnrichment = (k/n) / (M/N)，而RichFactor = k/M，明白了吧，n和N数字是不变的，所以等同于说FoldEnrichment = RichFactor * C，C = N/n 是一个常数，所以它俩是一个东西！不信你再mutate一个richFactor出来，然后再用ggplot画个散点图，所有点都会落在一条直线上。
举报/反馈
0
0
收藏
分享
