肖恩·埃利奥特在1989年NBA选秀中在第1轮第3位被圣安东尼奥马刺队选中。1993年,马刺用肖恩·埃利奥特从底特律活塞队交易来了丹尼斯·罗德曼,当赛季他第一次入选NBA全明星阵容 。1994年,马刺队用22号秀比尔·科尔利与活塞交易换回了肖恩·埃利奥特,1996年他再次也是生涯最后一次入选NBA全明星阵容 。
1999年5月31日,马刺对阵开拓者的季后赛中,肖恩·埃利奥特最后12秒投中关键三分,帮助马刺在全场落后的情况下奇迹般的逆转,被称作"阵亡将士纪念日奇迹"。当年马刺队一路杀进了NBA总决赛并夺得NBA总冠军,这也是肖恩·埃利奥特得到的唯一一次NBA总冠军。夺冠后肖恩·埃利奥特肾病恶化,必须进行移植手术,8月份他换上了哥哥捐赠的肾脏。接受手术后的7个月 ,肖恩·埃利奥特又回到了球场上,并在1个多赛季中共参加了71场常规赛 。2001年 ,肖恩·埃利奥特宣布退役。 退役后的他担任解说工作。 2005年3月6日,马刺队为肖恩·埃利奥特举办了球衣退役仪式。
经历了一个令人失望的赛季,同时身体状况被打上一个大大的问号之后,肖恩·埃利奥特的职业生涯看上去遭遇到了危机。在这一年的休赛期,马刺用选秀得到的比尔·科尔利与活塞交易换回了肖恩·埃利奥特。事实证明,肖恩·埃利奥特回到马刺使他的职业生涯焕发了第二春。他在1994-95赛季平均每场得到18.1分,并且在三分线外333投136中,命中率达到40.8%,排在全联盟的第18名。马刺也打出了全联盟的最佳战绩,并杀入了西区决赛。
1995-96赛季肖恩·埃利奥特打出了整个职业生涯最好的表现,并再次入选全明星阵容,他在那一年职业生涯最高的场均20.0的得分排在联盟第20,同时他还投中了职业生涯最多的单季161个三分球。他在圣安东尼奥的第5个赛季也使得他的平均得分保持了上升的趋势--唯一的一年下降是他被交易去底特律的时候。
1996-97赛季肖恩·埃利奥特受到慢性右四头肌肌腱炎的困扰,他在1997年2月18日接受了手术,并错过了当年余下的比赛。他在那一年仅仅出场39次,平均得到14.9分。而接下来的一个赛季,他依然受到伤病困扰,仅仅出场36次,得到9.3分。同时,他在1月21日接受了对左四头肌肌腱炎的手术之后就没有再出场比赛。
1998-99赛季肖恩·埃利奥特强势反弹,以首发身份参加了全部50场比赛,并帮助马刺得到了他们的第一个总冠军。他场均11.2的得分在队中排名第三。1999年2月9日,肖恩·埃利奥特在客场对阵森林狼的比赛中成为了球队历史上投中三分球最多的球员。5月4日,肖恩·埃利奥特在对开拓者的比赛中得到了职业生涯的第10000分。在对阵波特兰开拓者的西部决赛第二场比赛中,在比赛还剩下9.9秒的时候,肖恩·埃利奥特在几乎摔到界外的情况下投中了一个关键的三分,帮助马刺以86比85战胜对手,保住了主场优势,并且一鼓作气横扫了士气受挫的开拓者队,被称为"阵亡将士纪念日奇迹"。