廓尔喀本是喜马拉雅山南麓尼泊尔的一个小部落，到乾隆初年时，在其酋长博纳喇赤的领导下强盛起来，凭借其武力向四方扩张，先后征服了向清朝进贡的巴勒布部和其他一些小部落,占地东西长2000里,南北宽500里并与不丹联合夹击锡金，成为与西藏紧邻的一个新兴的强大政权。到六世班禅进京时，廓尔喀的国王是博纳喇赤的孙子喇特纳巴都尔，当时还年幼，由其叔父巴都尔萨野执掌国政，奉行向外扩张势力的方针。对在其北方的西藏，巴都尔萨野也有染指之心，只是由于清朝的国势正强，西藏地方安宁，因此一直不敢贸然行事。

六世班禅圆寂后，乾隆皇帝在乾隆四十六年(1781)正月颁布诏书。敕令八世达赖喇嘛亲政，并依前世达赖喇嘛之例，封之为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤拉怛喇达赖喇嘛”，改授册命，俾其“宏宣法教，益广善缘，护国福民，以光我国家亿万年之休命。图伯特事务，悉依前辈达赖喇嘛之例,董率噶布隆等,妥协商办,报明驻藏大臣转奏,俾图伯特阖境安宁,众生蒙福。”1784年八世达赖喇嘛亲政，1786年因章嘉国师若必多吉去世，清朝召策墨林活佛回京,命济咙呼图克图出任摄政协助达赖喇嘛办理政务。

六世班禅的遗体运回西藏后，由于乾隆皇帝先后对六世班禅给予了大量的赏赐，加上王公大臣们的供养，以及清朝为六世班禅的葬礼所赠，扎什伦布寺一下子得到了海溢山积般的珍宝财富。六世班禅的亲弟弟是噶玛噶举派的红帽系活佛，其寺院为拉萨北面的羊八井寺，他想要得到六世班禅遗产的一部分，六世班禅的异母兄仲巴呼图克图以他是噶举派的僧人为由，拒绝了他的要求。而且仲巴呼图克图不愿给前后藏各寺院僧人布施，也引起各派僧俗人士的不满。在这种情况下，红帽系活佛在1784年以朝礼佛塔的名义前往尼泊尔,迟留该地,向巴都尔萨野极言扎什伦布之富有，很可能还将后藏的地形和守备情况泄露给廓尔喀人，意在鼓动廓尔喀人抢掠扎什伦布，以泄其愤。

恰在此时，廓尔喀和西藏地方之间因为贸易问题发生纠纷，为廓尔喀侵扰西藏提供了一个借口。尼泊尔与西藏地方之间历来存在十分密切的经济联系，尼泊尔人生活必需的食盐、茶叶、布匹等向来仰仗从西藏进口，在交易中以往都是使用巴勒布部落所铸的银币，巴勒布人在铸币时掺有铜、铅，成色不足，但双方以此定价，相沿成习，一直相安无事。廓尔喀统一巴勒布等部落之后，改铸新币，银的成分有所增加，廓尔喀人就要求西藏人在交易中承认一个新银币当两个旧银币使用，这样造成西藏人手中的旧银币大幅贬值，西藏人很不愿意。同时西藏的商人为了减少廓尔喀新旧币比值造成的损失，就在廓尔喀人必须购买的食盐中掺入沙土，增加重量。西藏的官员也对廓尔喀商人增加税课，故意刁难，勒索钱财。这种事件逐渐增多，引起廓尔喀商人的不满，要求廓尔喀王出兵报复。

1788年6月，蓄谋已久的巴都尔萨野派遣其属下头目苏尔巴尔达布等人带兵抢掠西藏与尼泊尔之间的卓木朗部落后，突然人侵西藏，占领了聂拉木、吉隆，并围攻宗喀(在今吉隆县)。消息传到拉萨，驻藏大臣庆麟立即向乾隆皇帝奏报此事。乾隆皇帝下令驻藏大臣雅满泰带领在藏的绿营兵和达木蒙古兵前往扎什伦布布置御敌，如果情形危急，可将年幼的七世班禅护送到拉萨。同时命令四川提督成德和成都将军鄂辉带四川驻防满兵和绿营兵藏族番兵进藏，反击廓尔喀军。乾隆皇帝还考虑此次事关重大，需要派遣-位亲信大臣前去办理，于是又派熟悉西藏情况、会讲藏语的御前侍卫、理潘院侍郎巴忠进藏去主持。

正当乾隆皇帝在北京策划反击廓尔喀军的时候，西藏的仲巴呼图克图和萨迦法王及噶伦等人却通过红帽系活佛与廓尔喀人联系纳银赎地求和，驻藏大臣庆麟、雅满泰也只图省事，认为西藏武备薄弱，害怕战争打起来胜负难定，同意议和。于是西藏方面派出噶伦丹津班珠尔去廓尔喀谈判。郭尔喀的巴都尔萨野听到清军即将进藏的消息，也同意议和，提出要西藏每年向廓尔喀交纳一千锭白银，以赎回聂拉木、吉隆、宗喀三处地方、丹津班珠尔以西藏无法拿出这么多白银，不敢答应这个条件，后来廓尔喀人减少为每年三百锭，噶伦将这个情况报告了驻藏大臣和九月中赶到拉萨的鄂辉、成德、巴忠等人。他们一开始曾表示反对议和，但是后来也因军事准备不足，怕难怕苦，不想和廓尔喀军开战，同意苟且求和。特别是巴忠作为乾隆的亲信大臣，却不认真贯彻乾隆的旨意，反而想通过赎地银由西藏自行交纳，不由朝廷负担，不向皇帝报告，让廓尔喀遣使向清朝进贡的办法，在乾隆皇帝面前邀功请赏，就同意了西藏和廓尔喀议和的条件。在丹津班珠尔与廓尔喀订立了赎地约和的合同后，廓尔喀军退出聂拉木、吉隆、宗喀，巴忠等向乾隆报告收复失地，廓尔喀人畏罪求和并请求清朝允许朝贡,请给封赏,却隐瞒了西藏向廓尔喀人每年交纳三百锭白银的条件。一向精明仔细的乾隆皇帝这次被巴忠等几个庸臣蒙蔽，没有完全了解实情、就盲目相信清朝的国威已经使廓尔喀人畏服，欣然同意了巴忠等人的奏报。下令班师，并奖赏了巴忠、鄂辉等。并在1790年正月廓尔喀的使者到达时，降旨封廓尔喀王子喇特纳巴都尔为廓尔喀国王，封其叔父巴都尔萨野为公爵。不久乾隆皇帝又提升鄂辉为四川总督、成德为成都将军。

乾隆皇帝为顺利解决了廓尔喀侵藏并新招廓尔喀为属国而高兴的时间并没有持续多久，1791年8月就接到驻藏大臣保泰和雅满泰的奏报，说廓尔喀再次大举兴兵来犯，已经攻占了聂拉木、吉隆等地，而且还在向扎什伦布进兵。这次廓尔喀兴兵犯境的借口是西藏没有交付约定的每年三百锭白银(一锭折合三十二两)的赎地款。1789年时西藏噶厦就无力交清当年的三百锭银子，1790年廓尔喀王叔巴都尔萨野派人来讨要，没有结果。1791年初廓尔喀派人领兵来边境讨要银子，达赖喇嘛和噶伦商量后派噶伦丹津班珠尔带了三百锭银子前去,要求与廓尔喀使者谈判,交出这笔银子后把文约收回，完结此事。廓尔喀王叔对此十分恼怒，又听信红帽系活佛所说扎什伦布有众多财宝，就下令将丹津班珠尔扣留，增派大兵，再次入侵。

乾隆皇帝接到奏报后，并未立即认识到问题的严重性，只派四川总督鄂辉带几十名兵丁进藏处理，以为只要钦差大臣严行劝谕，就可以使廓尔喀畏惧慑服。但是巴忠知道自己犯下了欺君的大罪，难逃罪责，向乾隆皇帝要求赴藏效力赎罪未被允准，就在热河投河自尽。巴忠的自杀使乾隆皇帝感到震惊，这才想到廓尔喀之事必难办理，命令在金川、缅甸等役中战功卓著的大学士阿桂、两广总督福康安，制订派兵人藏的计划。紧接着西藏驻藏大臣又报告廓尔喀军八月二十二日包围了扎什伦布，七世班禅在此之前已由驻藏大臣接到拉萨，仲巴呼图克图携带财物逃走，寺内的孜仲喇嘛和扎仓堪布等人在吉祥天女像前占卜，宣称占卜结果是不可与廓尔喀军打仗，所以寺内人心涣散，数千僧人未经战斗就自行散去。廓尔喀军占据扎什伦布寺后,肆行抢掠,将历代班禅大师灵塔上的宝石、珊瑚、金银饰品摘去，寺内金银佛像被抢去大半，清朝颁给班禅大师的金册、金印也被掠走。有数百名清军坚守日喀则宗堡,廓尔喀军攻打不下,加上听说拉萨正在集中兵力，于是在抢掠半月之后退出扎什伦布回国，留下千余军兵据守聂拉木、吉隆等地。

在弄清全部情况后，乾隆皇帝终于下决心认真组织反击廓尔喀的战争，他下令革去保泰、雅满泰的驻藏大臣的职务，免去鄂辉的四川总督和成德的成都将军的职务，任命吏部尚书孙士毅为摄四川总督，和琳、舒濂、奎林为驻藏大臣，奎林兼成都将军。为了统一指挥作战，乾隆皇帝又将在两广总督任上的福康安火速召回北京，面授机宜，任命他为统率大军攻打廓尔喀的大将军，又任命曾屡建战功的海兰察和成都将军奎林为参赞大臣。为了这次出兵，乾隆皇帝征调了四川、云南、东北的军队和金川、德格、昌都等地的藏族士兵，总数达一万五千人，加上西藏地方的军队，有将近两万人之多。为了保证军粮供应，孙士毅调用了西藏粮台存粮三千石、达赖喇嘛商上现粮四千石，还发银从西藏民间购买。西藏人民积极支援大军人藏驱除人侵的磨尔喀军,向清军出售粮食近七万石,还有食用的牛羊一万八千头(只)，满足了清军作战的需要。

西藏的僧俗首领也积极支持清军的行动，策墨林活佛阿旺楚臣被派回西藏再次担任摄政，痛斥西藏僧俗上层中一些人的畏惧怕战、主张议和的言论，组织西藏各界人士从军参战。虽然他因年迈有病到拉萨后仅三个月就在拉萨圆寂,但是他的爱国行动起了很大的鼓舞人心、稳定局势的作用。继任的摄政功德林活佛也全力支持清军，将西藏地方政府所存大小炮三十余门、火药铅弹三万余斤全部交给清军使用，各寺院堪布、喇嘛、噶伦、贵族官员等将各自的马匹、驮牛等交出支援军运。甘肃、青海的蒙藏王公上司也献马出粮，支援清军从青海一路人藏。乾隆皇帝对蒙藏首领支援清军都给予了奖赏，并下令对他们所捐献的物品、牲备“酌给价值”。由于乾隆皇帝的严密组织安排，各族人民同仇敌忾，战争的局面很快就发生了根本的改观。

乾隆五十七年(1792)四月，福康安率兵从定日出发，仅用一个月就歼灭据守聂拉木和吉隆的廓尔喀军一千余人，收复全部失地。接着清军攻入厦尔喀境内,在热索桥、协布鲁、雅尔赛拉、噶勒拉、堆补木等地连败廓尔喀军歼敌四千多人。七月初清军打到甲尔古拉、集木集，已经深入廓尔喀境内七百余里，据廓尔喀都城阳布城仅有数十里。此时廓尔喀调集全国兵力拼死抵抗，双方在甲尔古拉大战，虽然清军取得了胜利，歼敌六百余人，占领了甲尔古拉，但是由于是强攻据险固守之敌，清军也死伤甚众，有多名御前侍卫在战斗中阵亡。

此时廓尔喀的国王喇特纳巴都尔和王叔巴都尔萨野一再派人向清军求和，表示红帽系活佛已在五月十五日亡故，愿交出其尸骨，请求清朝准许投降，送还所抢掠的扎什伦布寺的全部财宝和西藏噶伦所立的每年交给廓尔喀三百锭白银的赎地款的文约，并将上年扣留的西藏噶伦丹津班珠尔送回。在接连胜利的情况下，乾隆皇帝冷静地分析了形势，看到虽然大军已经逼近廓尔喀的都城，但是攻取阳布城必然会遇到廓尔喀的拼死抵抗，若战争时间延长，屯兵于坚城之下，到九月以后大雪封山，后勤运输困难，可能会适成大军无法撤出从而遭受严重损失的后果，因此乾隆皇帝痛下决心，下令接受廓尔喀的乞降,命令福康安向廓尔喀王传旨:“赦其前罪,准令纳表进贡悔罪投诚。”并且命令福康安及时把军队撤回国境之内。八月八日廓尔喀国王喇特纳巴都尔派遣其办事大头人四人，携带认罪表文，并备乐工、驯象五头(其中两头乾隆令分赐达赖喇嘛和班禅大师 )、孔雀、象牙、犀牛角、金银珠宝等,到北京投诚进贡。乾隆五十八年(1793)正月廓尔喀贡使到北京，呈进表文和贡品，乾隆皇帝仍封喇特纳巴都尔为廓尔喀国王，封王叔巴都尔萨野为公爵。

乾隆五十七年(1792)九月，福康安率领大军回到西藏，乾隆皇帝下令封赏战争中的有功人员，并且命令福康安利用亲身在藏的机会，认真考察西藏情形，总结廓尔喀两次侵藏战争的教训，改革西藏地方多年的积弊，召集僧俗首领官员，商议西藏长治久安之策，以便今后让西藏僧俗长期遵循。