乾隆皇帝通过对西藏长期实行的活佛转世例俗的认真观察，认为活佛转世在西藏对于宗教领袖的继承和社会的安定、维系数十万僧人和佛教信徒的宗教信仰具有重要的作用，故清朝对活佛转世不能不容许其存在，但是他也看到由于活佛转世涉及大量的财产和社会地位的继承，因而早已产生出许多流弊。通过对廓尔喀侵扰西藏战争起因的分析，使他感到必须对活佛转世的问题加以管理。在《钦定藏内善后章程二十九条》中，第一条就规定对活佛转世的认定实行金瓶掣签的制度。
该条文说:“关于寻找活佛和呼图克图的灵童，依藏人例俗，确认灵童必问卜于四大护法，这样就难免会发生弊端。大皇帝为求黄教得到兴隆，特赐一金瓶，今后遇到寻认灵童时，邀集四大报法,将灵童的名字及出生年月,用满、汉、藏三种文字写于签牌上,放入瓶中，选派真正有功德的活佛，诵经祈祷七日，然后由各呼图克图和驻藏大臣在采迦牟尼像前掣签认定。假如找到的灵童仅一名，也需将一个有灵童名字的签牌，和一个没有名字的签牌，一起放进瓶内，假如掣出没有名字的签牌，就不能认定已寻得的灵童,而要另外寻找。对达赖喇嘛和班禅额尔德尼师徒，在认定他们的灵童时，亦需将他们的名字用满、汉、藏三种文字写在签牌上，同样进行掣签。这些都是大皇帝为了黄教的兴隆，和不使护法弄假作弊。这个金瓶常供在宗喀巴像前，需要保持清洁，并进行供养。”
乾隆皇帝在上谕中还说:“向来藏内出呼毕勒罕(即灵童)，俱令拉穆吹忠降神附体，指明地方人家寻觅。其所指呼毕勒罕不止一人，指寻之人各将所出呼毕勒罕生年及伊父母姓名一一记明，复令拉穆吹忠降神祷问，指定真呼毕勒罕。积习相沿，由来已久。朕思想来，近乎荒唐，不足凭信。拉穆吹忠往往受人嘱托，假托神言任意妄指，西藏中人等因其事涉神异，多为所愚，殊属可笑。此等拉穆吹忠即系内地师巫，多以邪术惑人耳目。而拉穆吹忠降神时，舞刀自扎，身体无害，是以人皆信之。此等幻术，原属常有，但即使其法果真，在佛教中已最下乘,若使虚假,则更不值一嘘。其妄诞不德，岂可仍前信奉福康安等现在整饬藏务，正应趁此敛其积弊。莫若在藏即令拉穆吹忠各将其法试演，若用刀自扎等项果然有验，则藏中相沿日久，亦姑听之。若福康安亲加面试，其法不灵，即当将吹忠降神荒唐不可信之处对众晓谕，俾僧俗人等共知其妄，勿为所愚。嗣后出呼毕勒罕，竟可禁止吹忠降神，将所生年月相仿数人之名，专用金本巴瓶令达赖喇嘛掣签指定，以昭公允。”
福康安遵旨召集各降神师来让他们当众表演用刀自扎等法术，果然他们都不敢真正试验，情愿承认那些都是惑人的邪术。于是乾隆皇帝更坚定了推行金瓶掣签的决心。他提出的金瓶掣签制度规定，将一个金瓶(金本巴瓶)“设于前藏大昭，俟将来藏内或出达赖喇嘛、班禅额尔德尼及大呼图克图呼毕勒罕时，将报出幼孩内选择数名，将其生年月日、姓名，各写一签放于瓶内，交达赖喇嘛念经，会同驻藏大臣公同掣签，并于京城雍和宫内亦设一金本巴瓶,如蒙古地方出呼毕勒罕,申报理藩院,将年月、姓名缮写签上,入于瓶内一体掣签。”
在反击廓尔喀军的战争取得胜利后，乾隆五十七年(1792)夏天，乾隆皇帝特派御前侍卫惠伦等将金本巴瓶送往拉萨。当年十一月，当金本巴瓶送到拉萨时，“臣(福康安)等率同官员、官兵，及济咙呼图克图(当时任摄政)率领各寺呼图克图、大喇嘛及噶布伦在下番目，远出祇迎。达赖喇嘛感激圣恩，先期下山在大昭寺等候，派喇嘛寺各持番花幡幢导引。臣等与惠伦等恭送金本巴瓶于向来讽诵伊罗尔经之大昭佛楼上宗喀巴前，敬谨供奉。达赖喇嘛率领僧众，梵呗齐喧，极为诚肃。”在接到皇帝关于必须实行金瓶掣签的诏书后不久,八世达赖喇嘛颁发了《水牛年文告》。其内容为:“天命文殊大皇帝常施无上恩惠，且宏扬黄教，慈爱西藏人民，恩德无边。尤其是文殊大皇帝关心宗喀巴大师的黄帽教法，勤奋修习，甚至一直希望出家光僧。为了报答大皇帝宏恩,我等应多诵经为大皇帝祈寿,勤奋努力,不可懈怠,祝祷皇上长寿而解脱，逐渐登上遍知之果位，这样做才有黄教僧人的德行。如今多数喇嘛活佛不习佛法，选认灵童时，无法确定，故得不到全体僧人的敬重。同时，往往迎请几位护法，按照其指示，作为选认的根据，实际上(护法)看钱财，选一个有钱粮的家庭的孩童，不管是非，以致众人议论纷纷现在按照以宏恩关切佛教的大皇帝的谕旨，寻找真正的灵童，是为了发展黄教。大皇帝经过深思熟虑，特赐金瓶，派专人奉戴送来，设于大昭寺宗喀巴大师像前，以后不管藏区的那位喇嘛活佛降生，首先将岁数、月日.名姓写在签上，呈报我达赖喇嘛和驻藏大臣，同时邀请几位护法降神指示。当出现几位灵童时，应将他们的岁数、出生年月日、名姓等写在签牌上，共同放入金瓶，我达赖喇嘛带领几名有学识德行的喇嘛祝告三宝，祈祷宗喀巴大师，然后请驻藏大臣至拉章当众抽签决定，抽出谁的签牌，谁就是真正的转世灵童，并非按照旧例选定。另外，经护法降神等寻访仍然只有一名灵童时，也应将其名字如实写在签牌上，以同样的方法，和没有名字的签牌一同放进宝瓶掣签，当抽出的签牌上没有名字时，说明这一孩童并非真正的转世化身，这种情况下必须重新寻找。从现在起仍然依旧例选定的，如果出现，必将严惩。”七世班禅大师也表示:“我蒙大皇帝高厚隆恩，有加无已此次钦差大人远送金本巴瓶来藏,全为保护黄教，又蒙特赏哈达，传旨赐问实在感激天恩，无可图报，惟有率众喇嘛，虔诵万寿经，祝延圣寿。”
金瓶掣签制度制定以后，从1793 年开始，就分别在雍和宫和拉萨用金瓶掣签的办法确定呼图克图的转世。对达赖喇嘛和班禅额尔德尼两大活佛转世系统，清朝也坚持实行金瓶掣签的制度，不过也有免于掣签的特例。
1795年，乾隆皇帝退位作了太上皇。乾隆帝退位后，接受了出家戒和比丘戒，派人专程给西藏送来他自己穿着僧装的画像。1798 年，八世达赖喇嘛在布达拉官三界殊胜寝殿内特设殿堂供奉乾隆皇帝的肖像。《八世达赖喇嘛传》“文殊大皇帝为了西藏人民的幸福，赏赐他自己的比丘持金刚装束的记载:
肖像,作为汉藏人民敬拜的对象。达赖喇嘛决定修建精舍供养。他指示:'大皇帝乃诸佛之严父，至尊文殊菩萨化现的人主，为天神等众生的供拜对象。大皇帝慈爱雪域众生，护佑黄教。仰仗大皇帝之慈恩，宏扬宗喀巴大师之圣教，我等需圆满地供养圣像’。该精舍由噶伦夏扎巴和孜强佐格桑曲扎负责修建。精舍建在三界殊胜殿的中央，顶部用杨木制成，金质屋脊宝瓶，装饰极为华丽,纯金座,以窗棂隔断,内挂锦缎围幔,圣像前摆放着各种供品。像前方的阶梯上供放着金器、银器和羊脂玉、水晶石制成的各种器具，富丽堂皇。殿内陈放五种供品。”在七世达赖喇嘛时期，康熙皇帝的牌位也供在此殿中。由于金瓶掣签是乾隆皇帝全力主张制定的，所以在清代的决定达赖喇嘛和班禅额尔德尼的转世灵童的几次重要的金瓶掣签都是在这里的乾隆皇帝的画像和康熙皇帝的万岁牌位前举行的。
嘉庆九年(1804)十月二十日八世达赖喇嘛圆寂，首次出现以金瓶掣签决定达赖喇嘛的转世的问题。三年以后摄政济咙呼图克图向驻藏大臣玉宁、文弼报告，在各地所报的灵异幼童中以德格地方出生的春科土司的儿子最为灵异，全藏僧俗一致信服，认为是五世达赖喇嘛的再生，请求免于掣签认定为达赖喇嘛的转世。玉宁、文弼接报后与七世班禅、济咙呼图克图、第穆呼图克图及噶伦、代本等官员前往蔡公堂寺验看，数万僧俗向驻藏大臣一致恳请，并由僧俗官员集会写出禀帖，于是玉宁、文弼向嘉庆皇帝奏报验看灵童情形，并转奏七世班禅、济咙呼图克图领衔的请求将德格出生的灵童免于掣签作为达赖喇嘛的呼毕勒罕的奏折。此时嘉庆皇帝考虑不周，作为特例批准了驻藏大臣转奏的西藏僧俗的请求,于是九世达赖喇嘛未经掣签得到认定，并在嘉庆十三年九月二十二日在布达拉宫坐床。第二天，为感谢皇帝特准免于掣签之恩，达赖喇嘛及摄政、经师、各大呼图克图等在布达拉宫的萨松南杰殿供奉的乾隆皇帝御像和“当今皇帝万岁万万岁”牌前陈列供品，诵经祈愿大皇帝万寿无疆。
但是九世达赖喇嘛只活了十岁就在嘉庆二十年(1815)圆寂了，到嘉庆二十四年二月驻藏大臣玉麟、珂实克奏称，摄政第穆呼图克图等说理塘出生的灵异幼童十分聪慧，具有福相，应验卜兆，而且各处再也查不出可能呼毕勒罕之人，请求将理塘出生的灵童免于掣签作为达赖喇嘛的呼毕勒罕。但是这一次嘉庆皇帝不再允许免于掣签，并对玉麟、珂实克严加申斥。命令除理塘出生的幼童之外，必须再找到两名灵异幼童，方可将三名灵异幼童写签入瓶，遵照定制，对众诵经，举行金瓶掣签。嘉庆皇帝还特别规定，掣签时两名驻藏大臣一人封签，一人掣签，不让喇嘛僧人们经手，“其掣出者方系达赖喇嘛真呼毕勒罕，必能驻世长久，为众信奉。”按照嘉庆皇帝的旨意，摄政二世策墨林活佛(此时原摄政第穆呼图克图已圆寂)派人分头到前后藏、工布、昌都等地寻访，又找到昌都出生的两名灵异幼童上报。而此时嘉庆皇帝已去世，其子道光皇帝继位。
在道光元年(1821)九月，道光皇帝才批准以哩塘、昌都出生的三名幼童人瓶掣签。次年正月初七，将金本巴瓶从大昭寺迎请到布达拉宫的萨松南杰殿，由七世班禅率领僧众诵经供养九天,到正月十五举行了确定达赖喇嘛转世的首次金瓶掣签。藏文《十世达赖喇嘛传》记载当时的情形说:“水马年正月十五日，当太阳出山之时，班禅大师从罗布林卡前往布达拉宫，僧俗官员等一起到皇帝圣容前就座，不久两位驻藏大臣亦到达，当汉藏官员、喇嘛会齐后，由满文文书将三位灵童的名字用满文书写到三个名签上，然后由藏文文书在三个名签的另一面上用藏文书写三位灵童各自的名字，并共同看验核对无误。然后由灵(海)安班对金本巴瓶磕头致礼三遍，再将三个名签放人金本巴瓶中。然后诵经师等一起念诵祈请三宝慈悲护佑的真言，做三次猛力祈祷。然后由文(干)安班向金本巴瓶跪拜三次，将装有三支名签的金本巴瓶摇动，然后掣出确定转世灵童名字的一支名签，看视后高声宣布是理塘出生的幼童，并将名签交给班禅额尔德尼、策墨林诺门罕和灵(海)安班等在场的汉藏官员、喇嘛、贵族、僧俗人士看视，然后将名签插到放在金本巴瓶上首的盛满青稞的切玛中。由于金瓶掣签的结果与大众的愿望相符，真实无欺地完成了掣签认定，所以众人都极为欢乐和崇信。”这次金瓶掣签掣出的转世灵童即是十世达赖喇嘛楚臣嘉措，他于当年八月在布达拉宫坐床。
道光十七年(1837)十世达赖喇嘛圆寂，到道光二十年(1840)年底驻藏大臣奏报摄政策墨林诺门罕报称找到四名灵异幼童，经驻藏大臣和摄政等看验，均有灵异，请求以此四名幼童入瓶掣签。经道光皇帝批准后，次年五月在布达拉宫举行了金瓶掣签，即十一世达赖喇嘛。
咸丰三年(1853)七世班禅圆寂，咸丰五年(1855)十一世达赖喇嘛圆寂，这样就出现了在西藏历史上少见的差不多同时寻访认定达赖喇嘛和班禅大师的转世的情形。咸丰六年(1856)驻藏大臣赫特贺奏报，据扎什伦布寺索本堪布扎萨克喇嘛报告，在前藏霞克巴地方和后藏托卜加地方各找到灵异幼童一名，经过驻藏大臣和摄政等看验，认为俱有灵异，请求以此入瓶掣签认定。经咸丰皇帝批准后，将两名灵异幼童接到拉萨，于当年十一月二十三日在布达拉宫萨松南杰殿的皇帝御容和牌位前，由摄政热振活佛和扎什伦布寺索本堪布等率领僧众诵经祈祷，由驻藏大臣满庆和赫特贺主持，举行金瓶掣签，掣出后藏出生的灵异幼童为七世班禅的转世，此即八世班禅丹贝旺秋掣签结果经咸丰皇帝批准后,咸丰十年(1860)十月,由驻藏大臣恩庆主持八世班禅在扎什伦布寺举行坐床典礼。这是首次以金瓶掣签确定班禅额尔德尼的转世。
差不多与此同时，咸丰七年(1857)摄政热振活佛向驻藏大臣报告，关于十一世达赖喇嘛的转世，已找到在桑日、沃喀、达布出生的三名灵异幼童，经驻藏大臣和摄政等人看验后，向咸丰皇帝作了奏报。得到皇帝批准后，次年正月在布达拉宫萨松南杰殿由驻藏大臣和摄政热振活佛等举行金瓶掣签，掣出沃喀出生的灵童为十一世达赖喇嘛的转世，经咸丰皇帝批准后，于咸书十年(1860)七月在布达拉宫坐床，此即十二世达赖喇嘛赤列嘉措。
光绪元年(1875)十二世达赖喇嘛圆寂。两年后摄政济咙呼图克图向驻藏大臣松桂禀告，经过请班禅大师等人占卜授记，护法降神，明示灵童出生在东方或者东南方，从各地所报的灵异幼童中经班禅大师等考察，认为在达布朗敦村出生的幼童征兆殊异，举止非凡，为众人所瞩望，故祈请驻藏大臣转奏皇上恩准免于掣签，予以认定。此后在摄政的带动下，又由西藏各大呼图克图、噶伦及代本等官员、三大寺各扎仓堪布等僧俗大众集会，写成公禀。众人盖印画押，呈递驻藏大臣，恳请向皇上奏请免于掣签。于是驻藏大臣松桂向光绪皇帝奏请，经过皇帝批准，将在达布朗敦村出生的灵童免于金瓶掣签，认定为达赖喇嘛的呼毕勒罕，此即十三世达赖喇嘛图丹嘉措。
光绪七年(1882)八世班禅圆寂。扎什伦布寺请十三世达赖喇嘛打卦占卜，请护法降神授记，经过将近五年的寻访，到光绪十三年(1887)时，总管扎什伦布寺事务的扎萨克喇嘛诺门罕罗布藏顿珠向驻藏大臣文硕报告经过仔细寻访和考察，找到在后藏托卜加、前藏达布、墨竹工卡地方出生的灵异幼童三名。文硕对几世班禅大师都出生于托卜加稍有疑问，指示摄政和罗布藏顿珠对托卜加出生的幼童再加考察，他们以该幼童确有灵异回复。结果文硕即以此奏报，经过光绪皇帝批准后，光绪十四年(1888)正月十五日在布达拉宫的萨松南杰殿举行了金瓶掣签仪式。而这一天正是英国侵略军在隆吐山向西藏军民发起猛烈进攻、西藏人民第一次抗英战争爆发的日子。这次金瓶掣签有十三世达赖喇嘛参加，由摄政第穆呼图克图、甘丹赤巴、扎什伦布寺扎萨克喇嘛等人诵经祈祷，因当时驻藏大臣只有文硕一人，故由文硕封签、掣签，结果掣出的是达布地方出生的幼童，此即九世班禅大师曲吉尼玛。经文硕将金瓶掣签的结果奏报并得到光绪皇帝批准后，光绪十八年(1892)正月，九世班禅大师在扎什伦布寺坐床。
自乾隆皇帝制定金瓶掣签制度以后，直到辛亥革命的一百多年中，据理藩院的不完全的记载，仅在西藏地区就有近四十个主要活佛转世系统(含达赖喇嘛和班禅额尔德尼两大活佛转世系统)的转世灵童举行过金瓶掣签，举行金瓶掣签的次数有七十多次。这些转世灵童的认定涉及格鲁派、宁玛派和噶举派的几个主要的支派。
